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Les outils de la recherche

novembre 30th, 2015 | Posted by Fanny Dedet in Innovation | Recherche | Services - (0 Comments)

Trouvé sur Innovations in Scholarly Communications, l’écosystème des outils utilisés (ou utilisables) de près ou de loin par les chercheurs.

Depuis plusieurs années, la multiplicité des nouveaux outils a complètement changé le paradigme de valorisation des productions mais également introduit de nouveaux modes de publication. Pour aller encore plus loin, c’est toute la façon de concevoir la science qui est en train de changer. Nous aurons l’occasion d’y revenir sur ce blog

InnoScholComm_figure_jan2015

Axelle Lemaire, Secrétaire  d’État  chargée  du  Numérique, avait lancé en octbre 2015, durant 3 semaines, une vaste consultation auprès de la société civile sur un projet de texte de loi.

Parmi les articles du projet de loi, figure l’article 9 : « Libre accès aux publications scientifiques de la recherche publique ». Parmi les demandes de modification figuraient la réduction de l’embargo, la possibilité de faire du text et data maning (TDM) sur les publications (contribution de l’Inra) ou encore le dépôt obligatoire dans une archive ouverte (proposition de Couperin qui a reçu beaucoup de votes positifs).

Au delà des demandes, que reste t-il ?

open access 6 mois

Lorsque un écrit scientifique, issu d’une activité de recherche financée au moins pour moitié par des fonds publics, est publié dans un périodique, un ouvrage paraissant au moins une fois par an, des actes  de  congrès  ou  de  colloques  ou  des  recueils  de  mélanges, son  auteur,  même  en  cas  de  cession exclusive  à  un  éditeur,  dispose  du
droit  de  mettre  à  disposition  gratuitement  sous  une  forme numérique,  sous  réserve  des  droits  des  éventuels  coauteurs, la version finale  du manuscrit acceptée  pour  publication, au  plus  tard six mois pour  les  sciences,  la  technique  et  la  médecine  et douze mois  pour  les  sciences humaines et sociales, à compter de la date de la première publication, ou au plus tard lorsque l’éditeur met lui-même l’écrit gratuitement à disposition sous une forme numérique

1) réduction de moitié de la durée d’embargo : 6 mois au lieu de 12 mois sauf pour les SHS où la durée d’embargo est de 12 mois au lieu de 24 mois.

2) le dépôt dans les archives ouvertes est autorisé pour les « postprints » (ou final accepted manuscript) si le financement est au moins de moitié sur fonds publics. Reste à convaincre les scientifiques de déposer cette version dans les archives ouvertes.

3) la demande concernant l’autorisation de faire du TDM n’a pas été intégrée.

La création d’une exception au droit d’auteur pour l’analyse de textes et de données à des fins de recherche («text and data    mining»,TDM), qui est nettement soutenue par la communauté scientifique. Le droit européen ne permet pas actuellement de    créer de nouvelles exceptions, et le Gouvernement souhaite que cette question soit abordée dans le cadre des travaux européens en cours
Source : https://www.republique-numerique.fr/media/default/0001/02/da09b380f543bfab2d13da7424cec264dca669c6.pdf

4) le   texte   précise   désormais   également   que   les   données   de   la   recherche  liées  à  cet  écrit  peuvent  être  immédiatement réutilisées,  et  que  leur  circulation  ne  peut  être  freinée  à  l’occasion  de  l’édition.

Les deux modèles économiques (traditionnel et open access) co-existent depuis de nombreuses années et cela a engendré des couts supplémentaires aux organisations de recherche.

La question de savoir quand et comment basculer complètement vers une libre diffusion du savoir devient de plus en plus prégnante.

Dr Falk Reckling de FWF, l’agence de financement de la recherche en Autriche, dans cette présentation au Forum Austria Innovativ « Good practice in academic knowledge and technology transfer », explique que cette transition arrivera avec l’arrivée aux postes de responsabilité de la nouvelle génération de chercheurs.

Open Access will succeed sooner or later but at the latest when the generation of the digital natives come to power in research.
This generation does not only have new technical skills but different approaches to reading and sharing information.
That will change the modes of scholarly communication significantly.
Dr Falk Reckling relie l’avènement de l’open access avec les pratiques de lecture et de diffusion du savoir des ces « digital natives ».
Pour finir la lecture de cette intéressante présentation, un rapport de force est inéluctable entre les agences de financement, les organisations et les éditeurs commerciaux. La transition passera aussi par un regroupement au niveau international des agences et organisations de la recherche ainsi qu’une plus grande (et nécessaire) concurrence dans le secteur de l’édition.

En 2010,  L’Université de Southampton University a publié une étude sur les différentes publications montrant que les  publications en Open Access (Accès libre)  avait une une influence positive sur les citations.

SPARC* Europe a mis a jour cette synthèse de la littérature. à travers un service l’Open Access Citation Advantage.

70 études sont recensées (au 24 février 2015) , parmi elles, 46 concluent à une influence positive de l’OA sur les citations contre 17 qui n’en trouvent aucune. 7 études ne se prononcent pas. Le résumé des études est disponible sur le site. Enfin la plupart des études étudient les journaux en accès libre (Gold OA) et quelques unes l’influence du dépôt dans des archives ouvertes (Green OA).

Open Citation Advantage :  http://www.sparceurope.org/oaca

*SPARC Europe : Advocating change in scholarly communications for the benefit of researchers and society http://sparceurope.org/.

Il s’agit d’une analyse des transformations en cours des grands éditeurs commerciaux qui ont maintenant tous défini des stratégies de basculement de leurs modèles économiques dans le Gold Open Access : annonces répétées en faveur de Gold Open Access payant via des Article Processing Charge (APC), Regroupement des principaux éditeurs, rachat d’éditeurs de revue Open Access Gold et création de mégarevues type Plos One. Ainsi Wiley lance une méga-revue disciplinaire Wiley Advanced Science.  Les revenus des éditeurs à partir des abonnements aux revues vont devenir négligeables d’ici 10 ans et les éditeurs auront du mal à justifier les marges opérationnelles de 35 % de cet ancien modèle dans le modèle Gold Open Access. « Le Gold OA payant est intrinsèquement porteur d’une exigence de transparence sur la structure des coûts de l’édition scientifique ». Se pose alors la question de la stratégie des éditeurs autour de la conservation de services fermés comme Scopus ou Web of Science et sur les revues qui seront en accès libre, de l’analyse des parcours documentaires , des populations de chercheurs, à l’image du profilage des usagers dans l’économie numérique.

source : DIST info 8/février 2015 – CNRS . Les éditeurs scientifiques «for profit» accélèrent leur conversion à l’Open Access Gold : quelles visées stratégiques sous-jacentes ? http://www.cnrs.fr/dist/z-outils/documents/Distinfo2/Distinf8.pdf/

Has open access failed?

novembre 3rd, 2014 | Posted by Fanny Dedet in Non classé - (0 Comments)

C’est la question à laquelle répond Matthew Cockerill, co-fondateur de BMC et actuellement Europena Managing Director à Riffyn Inc, dans son blog.

Il répond que l’open access a permis que créer des nouveaux modèles économiques visant à rompre avec la notion pré-existante que les résultats de recherche appartiennent à l’éditeur. Le succès de l’open access est justement dans la prise de conscience par les agences de financement et les établissements de recherche que les résultats doivent être diffusés et non plus cachés derrière la barrière de l’abonnement.

Matthew Cockerill rapporte également que le modèle Gold a permis aux chercheurs de prendre conscience que la publication scientifique avait un cout. Ce cout était rendu transparent par les abonnements gérés par les bibliothèques ou les services IST.

Pour aller plus loin, l’Open Access est rendu obligatoire dorénavant pour les contrats européens d’Horizon 2020. De nombreuses agences de financement au niveau européen ont également une politique similaire. Il faut aller plus loin avec des positions nationales (ex: UK). En France, le rapport « les nouveaux enjeux de l’édition scientifique » de l’académie des sciences du 24 juin 2014 recommande que les modalités de diffusion des publications scientifiques soient réorganisées selon deux axes complémentaires comprenant, d’une part, les archives ouvertes, et d’autre part un Open Access institutionnel, financé selon des accords nationaux entre l’État et les éditeurs, tout en préservant les standards académiques de qualité scientifique. Nous y reviendrons dans un article dédié.

Ce qu’il est possible de rétorquer est que le modèle gold a augmenté les couts globaux de publication et d’accès à l’édition scientifique et les éditeurs ont augmenté leurs bénéfices. Dans les faits, de nombreuses revues ont été  crées en open access, quelques une ont changé de modèle économique et c’est une dynmaique qui va s’accélérer. En paralèlle, d’autres modèles voient le jour : freenium, platinum, fair gold…  ainsi que des expérimentations de revues alternatives basées sur les archives ouvertes.

En conclusion, le paysage de l’édition scientifique a été profondément transformé par l’arrivée de l’open access, obligeant les éditeurs à s’adapter, innover et changer leurs pratiques pour rester compétitifs. Cela s’est fait globalement en faveur des chercheurs avec la possibilité de déposer leur version dans les archives ouvertes, par la création de nouvelles revues et modèles économiques qui permettent un plus vaste choix de publication.

La réponse à la question dépend finalement du point de vue adopté : celui d’un gestionnaire qui cherche à faire des bénéfices, celui des petits éditeurs qui ont subi des désabonnements ou celui de la communauté scientifique qui peut diffuser ses résultats plus largement.

Les DOI components

août 4th, 2014 | Posted by Fanny Dedet in Innovation | Norme | Revues - (0 Comments)

Très intéressant post sur les DOI components de Martin Fenner sur son blog : http://blog.martinfenner.org/2014/08/02/fragment-identifiers-and-dois

De quoi s’agit-il ? Il ne s’agit pas d’accéder à plus d’information mais mieux accéder à l’information.

Tout a commencé avec IMRAD qui est un format permettant de distinguer à l’intérieur d’un article aux éléments structurants d’un article scientifique :Introduction, Methods, Results and Discussion. Il offre ainsi au lecteur la facilité de naviguer entre les différents chapitres :

The IMRAD structure has proved successful because it facilitates literature review, allowing readers to navigate articles more quickly to locate material relevant to their purpose
Source: Burrough-Boenisch, J (1999). International Reading Strategies for IMRD Articles. doi:10.1177/0741088399016003002

Et l’envie d’aller plus loin : accéder et naviguer directement parmi les figures et les tables d’un article. Comme le dit Martin dans un ancien post de 2011, Crossref fournit déjà des DOI components. PloS les utilise.

Exemple : pour un article ayant pour doi:10.1371/journal.pone.0006022, la figure n°2 aura pour doi:10.1371/journal.pone.0006022.g002

Comme l’intérêt est là, le nombre de DOI components se cesse de s’accroitre :

doi-components-rising

 

Le conseil national scientifique de l’Inra vient d’adopter une motion sur les publications scientifiques et les dérives liées à l’évaluation.

Le CSN de l’Inra s’inquiète des dérives observées par la communauté scientifique dans les pratiques de publication et de leurs conséquences sur l’évaluation scientifique. Il considère que l’INRA devrait renforcer la démarche initiée pour prendre en compte la qualité scientifique, la diversité des supports et la pertinence sociétale de la recherche. Plus généralement, il s’agit de limiter la prise en compte d’une productivité numérique poussant à toujours plus de publications dans des journaux scientifiques, ce qui dilue le savoir pertinent, favorise les erreurs et les fraudes, et sert d’abord à augmenter les bénéfices des Majors de l’édition privée qui se sont accaparé les publications produites par la recherche publique (voire de sociétés qui prolifèrent dans ce contexte d’inflation des publications). Une telle politique irait dans le sens des préconisations récentes de l’Académie des Sciences qui propose lors de l’évaluation des chercheurs l’envoi de quelques publications clés pour lecture par les commissions, et qui pourrait contribuer à la dénonciation, au niveau international, de l’utilisation du facteur d’impact des journaux pour l’évaluation de la recherche. En outre, l’INRA pourrait renforcer son rôle de proposition dans la mise en place d’un service public d’édition scientifique innovant en accès libre, tout en s’associant au mouvement des différentes institutions de recherches en France et à l’étranger afin de faire pression sur les éditeurs privés pour réduire les coûts injustifiés des abonnements. Enfin, l’INRA devrait renforcer les moyens humains, organisationnels et matériels nécessaires pour que son service d’Information Scientifique et Technique (IST) puisse assurer plus efficacement sa mission prioritaire au service de la recherche, des personnels de l’INRA et du grand public.

Source : http://www.inra.cgt.fr/actualites/messages/27mai14.htm

Plusieurs propositions intéressantes qui vont dans le sens des arguments en faveur de l’open access

  • coût des abonnements trop élevé
  • se réapproprier l’édition scientifique

Ce qui est dénoncé :

  • arrêter la course à la publication qui augmente les fraudes et dilue la savoir
  • l’utilisation du facteur d’impact pour les évaluations

A l’INRA, la prise en compte de tous les types de productions et pas uniquement les productions académiques est un enjeu important car les recherches de l’Inra sont multiples, à la fois fondamentales et tournées vers des problématiques sociétales. La mission de transfert des connaissances vers l’enseignement et les professionnels est importante. C’est pourquoi depuis de nombreuses années, la direction à l’évaluation propose une fiche d’activité pour les évaluations individuelles qui prend en compte cette notion de transfert de connaissances et d’expertise. L’INRA a été également moteur dans la réalisation de la grille Erefin utilisable pour les évaluations des unités.

ProdInra référence près de 195 000 productions de l’Inra dont une partie est librement accessible (articles en open access ou avec un embargo terminé, rapports, communications à des congrès, cours, etc.).

Le public de ProdInra, c’est la communauté scientifique mais également les professionnels, les enseignants, les pouvoirs publics et le grand public pour nos productions plus vulgarisées.

Voici les sites qui nous ont amené plus de 100 utilisateurs depuis 1 an et demi :

 

Source Sessions % nouvelles sessions Nouveaux utilisateurs
annuaire.inra.fr 7138 78,31% 5590
www6.inra.fr 1660 35,96% 597
openurl.ist.inra.fr:3410 1338 45,81% 613
www6.rennes.inra.fr 738 66,26% 489
netvibes.com 581 19,79% 115
www6.clermont.inra.fr 446 43,05% 192
www6.versailles-grignon.inra.fr 436 69,27% 302
www6.paca.inra.fr 426 48,83% 208
umr-innovation.cirad.fr 361 62,60% 226
www2.dijon.inra.fr 328 68,29% 224
www6.nancy.inra.fr 237 64,98% 154
mediadoc.asd.local 235 53,62% 126
www7.avignon.inra.fr 210 80,48% 169
www6.val-de-loire.inra.fr 206 40,78% 84
umr-moisa.cirad.fr 184 75,00% 138
fr.wikipedia.org 178 93,82% 167
www6.toulouse.inra.fr 160 61,25% 98
w3.avignon.inra.fr 159 74,21% 118
umr-system.cirad.fr 156 68,59% 107
organic-edunet.eu 153 49,67% 76
jobs.inra.fr 147 68,03% 100
en.wikipedia.org 146 95,89% 140
www6.paris.inra.fr 138 71,01% 98
inra.fr 136 60,29% 82
facebook.com 125 64,00% 80
www6.montpellier.inra.fr 111 72,07% 80
champignonscomestibles.com 105 92,38% 97
fr.mg41.mail.yahoo.com 104 0,96% 1
researchgate.net 103 82,52% 85

Sans surprise, l’annuaire de l’Inra, le site national et notre service SFX sont les sources qui amènent le plus d’utilisateurs.
On retrouve ensuite de nombreux sites de centres, d’unités, de départements de l’Inra.

Pour les réseaux sociaux, ce sera Netvibes, Twitter, Facebook et researchGate. On ne trouve pas dans ces 30 premiers résultats Mendeley, Zotero ou Linkedin.

 

 

 

 

 

Source Sessions % nouvelles sessions Nouveaux utilisateurs
annuaire.inra.fr 7138 78,31% 5590
www6.inra.fr 1660 35,96% 597
openurl.ist.inra.fr:3410 1338 45,81% 613
www6.rennes.inra.fr 738 66,26% 489
netvibes.com 581 19,79% 115
www6.clermont.inra.fr 446 43,05% 192
www6.versailles-grignon.inra.fr 436 69,27% 302
www6.paca.inra.fr 426 48,83% 208
umr-innovation.cirad.fr 361 62,60% 226
www2.dijon.inra.fr 328 68,29% 224
www6.nancy.inra.fr 237 64,98% 154
mediadoc.asd.local 235 53,62% 126
www7.avignon.inra.fr 210 80,48% 169
www6.val-de-loire.inra.fr 206 40,78% 84
umr-moisa.cirad.fr 184 75,00% 138
fr.wikipedia.org 178 93,82% 167
www6.toulouse.inra.fr 160 61,25% 98
w3.avignon.inra.fr 159 74,21% 118
umr-system.cirad.fr 156 68,59% 107
organic-edunet.eu 153 49,67% 76
jobs.inra.fr 147 68,03% 100
en.wikipedia.org 146 95,89% 140
www6.paris.inra.fr 138 71,01% 98
inra.fr 136 60,29% 82
facebook.com 125 64,00% 80
www6.montpellier.inra.fr 111 72,07% 80
champignonscomestibles.com 105 92,38% 97
fr.mg41.mail.yahoo.com 104 0,96% 1
researchgate.net 103 82,52% 85

Les représentants  de la  US National Library of Medicine (NLM), une composante du National Institutes of Health,et la Wellcome Library ont signé un  « memorandum of understanding » pour travailler ensemble sur la diffusion  gratuit, en ligne de milliers d’archives de journaux historiquement significatifs en biomédecine.

L’accord  prévoit une donation de 1.2 million de $ à la NLM qui coordonnera ce projet de numérisation de 3 ans. Les journaux numérisés – la liste des journaux n’est pas diffusée –  seront mis à disposition dans  PubMed Central (PMC) et sa version européenne , Europe PMC. En plus de la numérisation, des indicateurs de citation des articles seront créés.

source :

Wellcome Library and NLM establish agreement to make 150 years of biomedical journals freely available online. http://www.wellcome.ac.uk/News/Media-office/Press-releases/2014/WTP056252.htm#.U1VlUwdJu5U.twitter