Mendeley : récupérer les PDFs liés aux références après un changement d’ordinateur

La réponse apportée présume que le compte Mendeley.com de l’utilisateur, synchronisé avec son ancienne base Mendeley, ne contient pas les PDFs. Si les PDFs y étaient contenus, même sans pouvoir accéder aux fichiers locaux, une simple synchronisation Web – Desktop réglerait le problème.

Différentes solutions sont proposées selon le contexte :

1ère hypothèse : la base Mendeley et les documents associés sont encore accessibles sur l’ancien micro-ordinateur

• Solution 1 : uniquement via Mendeley Desktop, sans passer par Mendeley.com
• Solution 2 : en passant par Mendeley.com : synchronisation via le web

2ème hypothèse : la base Mendeley et les documents associés ne sont plus accessibles sur l’ancien micro-ordinateur

• Solution 1 : Reconstruire les références à partir des PDFs
• Solution 2 : Changer les liens vers les fichiers directement dans la base de données

1ère hypothèse : la base Mendeley et les documents associés sont encore accessibles sur l’ancien micro-ordinateur :

Solution 1 : uniquement via Mendeley Desktop, sans passer par Mendeley.com

Sur l’ancien ordinateur :

• Dans Mendeley, indiquer le répertoire dans lequel seront regroupés les fichiers pdf liés aux références :
  Tools > options > File organizer
  cocher  Organize my files si cette option n’était pas cochée auparavant
  Exemple : Users[nom_utilisateur]DesktopPDF1
• Fermer Mendeley
• Faire une copie de ce répertoire pour transférer les PDF sur le nouvel ordinateur.
• Faire une copie de la base de données de façon à pouvoir la transférer sur le nouvel ordinateur.
  (pour localiser le répertoire dans lequel se trouve la base, se reporter à How do I locate Mendeley Desktop database files on my computer?)
  La base se nomme soit online.sqlite soit [yourEmailAddress]@www.mendeley.com.sqlite
  Exemple :
  C:Users[nom_utilisateur]AppDataLocalMendeley LtdMendeley Desktoperistnancy@gmail.fr@www.mendeley.com.sqlite

Sur le nouvel ordinateur :

• Créer un répertoire et y coller les documents pdf
• Ouvrir Mendeley et indiquer ce répertoire dans Tools > options > File organizer
• Fermer Mendeley
• Coller la base de données (fichier .sqlite) précédemment copiée dans le répertoire Mendeley Desktop  (remplacer éventuellement le fichier présent dans le répertoire)
• Ouvrir Mendeley : les références ainsi que les liens vers les documents sont chargés.

Solution 2 : en passant par Mendeley.com avec synchronisation via le web

Cette option n’est possible que si l’option de synchronisation déclarée sur l’ancien micro comprend la synchronisation des PDFs (sachant que l’espace total occupé sur Mendeley.com ne peut pas excéder 2GB pour un fonctionnement gratuit.).

Sur l’ancien ordinateur :

• Edit Settings : option synchronize attached files puis Save & Sync

Synchroniser la base Desktop avec la base Mendeley.com en cliquant sur le bouton
  

Sur le nouvel ordinateur

• Mettre en place l’option de setting comme précédemment : la synchronisation se fait automatiquement du web vers Desktop à l’ouverture de Mendeley Desktop.
  La liaison référence – PDF n’est cependant pas entièrement opérationnelle car il faut manuellement cliquer sur l’icône  pour que le PDF soit bien relié à la référence. Les PDF sont alors  enregistrés dans le répertoire  indiqué dans l’option File Organizer.
  

2ème hypothèse : la base Mendeley et les documents associés ne sont plus accessibles sur l’ancien micro-ordinateur

Solution 1 : Reconstruire les références à partir des PDFs

Add Files > Add Folder

Sélectionner le répertoire dans lequel sont les PDFs à récupérer.

Mendeley créé alors les références à partir des PDFs qu’il rattache aux références. Toutefois cette solution peut s’avérer décevante dans le cas de pdf anciens. Il faudra ensuite effectuer une recherche de doublons (Tools > Check for duplicates) afin d’éliminer les références créées et qui ne contiennent pas de pdf liés.

L’option évoquée dans la question Tools > options > watched folders revient au même dans la mesure où Mendeley crée des références à partir des PDFs présents dans le répertoire indiqué, nécessitant ensuite une recherche de doublons.

Solution 2 : Changer les liens vers les fichiers directement dans la base de données

Ceci se fait via un outil de gestion de base de données comme DB Browser for SQLite.

On se place dans le contexte où la base de données Mendeley est installée sur le nouvel ordinateur et contient les références avec les liens vers les fichiers tels qu’ils étaient sur l’ancien ordinateur. On va modifier ce lien directement la base de données Mendeley pour indiquer le nouvel emplacement.

• Faire une sauvegarde de la base de données avant toute manipulation (pour localiser le répertoire dans lequel se trouve la base, se reporter à How do I locate Mendeley Desktop database files on my computer?).
• Fermer Mendeley pendant la procédure.
• Installer DB Browser for SQLite et le lancer.
• Fichier > Ouvrir une base de données : choisir la base Mendeley.
• Dans l’onglet Parcourir les données, choisir la table Files.
  
• Repérer le chemin vers les documents pdf.
  Dans l’exemple ci-dessus :
  file:///C:/Users/scocaud/Desktop/PDF-ancien/
qu’il faut remplacer par le nouveau, par exemple : file:///C:/Users/scocaud/Desktop/PDF-nouveau/
• Dans l’onglet  Exécuter le SQL saisir la requête :
  update 'Files'
set localUrl = replace(localUrl, 'file:///C:/Users/scocaud/Desktop/PDF-ancien/', 'file:///C:/Users/scocaud/Desktop/PDF-nouveau/')
where localUrl like '%file:///C:/Users/scocaud/Desktop/PDF-ancien/%';
  Exécuter la requête → le nombre de modifications apportées est indiqué en bas de l’écran.
  
• On peut vérifier dans l’onglet Parcourir les données que les modifications ont été faites
  
• Sauvegarder la base : Write Changes et quitter DB Browser.
• Ouvrir Mendeley : les PDF sont liés aux références.

(d’après  http://3.14a.ch/archives/2016/03/29/migrate-mendeley-library-and-keep-the-file-references/)