Archives de catégorie : e-science

Ferret : une extention Chrome pour enrichir vos lectures d’articles en biosciences

Ferret est une extention du navigateur Chrome qui permet des fonctionnalités intéressantes à partir de vos lectures d’articles comme l’historique de vos lectures, un résumé automatique, l’identification de noms d’espèces ou de composés chimiques ou encore les différents commentaires qui ont été publiés sur l’article. Il semble être conçu pour fonctionner sur des sources biomédicales.

Ferret lie  les articles à d’autres sources de données et services. Plus de 25 sources sont connectées comme ChEBML, KEGG, UniProt, Altmetrics, FigShare et PubPeer.

Sur l’article suivant affiché dans le navigateur Chrome, l’extention Ferret a automatiquement reconnu les protéines, les espèces, les chaines de textes sur l’anatomie etc…

ferretutilisation

 

source :  Ferret.ai launched! Thursday 24 September 2015. http://ferret.ai/blog/detail/ferret-ai-launched

Piirus: un nouveau réseau pour les scientifiques

piirus

Le site Fabrica de l’Inria signale (9/07.2015) Piirus un réseau social pour les chercheurs qui n’est pas tout à fait nouveau mais qui se distingue des autres réseaux sociaux académiques et commence à prendre de l’essor avec plus de 50000 comptes. Il est géré par l’ Université de Warwick (UK).

Quelques caractéristiques de l’outil :

  • L’accès à Piirus se fait sur invitation seulement. Toutefois vous pouvez exprimer votre intérêt pour obtenir un compte
  • Seules les personnes connectées peuvent voir les profiles utilisateurs (à la différence de LinkedIn ou de Academia.edu ou ResearchGate).
  • Il est compatible avec les  identifiants de chercheurs comme Orcid, SCOPUS Author ID, ResearcherID, Australian Research Council( FOR codes).
  • Matching de chercheurs : Piirus vous propose des chercheurs en fonctions des mots clés trouvés dans votre profil (texte et mots clés) avec une recherche intelligente.

D’après le site Fabrica de l’Inria :

Piirus n’a pas vocation à remplacer LinkedIn ou Academia mais plutôt de permettre aux chercheurs de se trouver et de se connecter plus facilement. On pourrait l’identifier à un annuaire amélioré.

Les utilisateurs indiquent dans leurs profils leurs intérêts de recherche et leurs propositions de collaboration et Piirus en fonction de ces critères proposent des contacts dans le tableau de bord.

Sources :

MOOCSciNum : Numérique et recherche en santé et sciences du vivant : nouvelles pratiques et enjeux

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Overture des inscriptions pour le MOOCSciNum  » Numérique et recherche en santé et sciences du vivant : nouvelles pratiques et enjeux » qui commencera le 19 octobre.

 

Ce MOOC a pour objectif de donner aux chercheurs, professionnels de la recherche en santé et sciences du vivant et futurs chercheurs français et francophones les éléments nécessaires pour s’adapter à l’évolution des pratiques de recherche en santé (de la gestion à la communication et à la diffusion de ressources scientifiques) et leur permettre de prendre en main les outils numériques associés. Il permettra en outre de saisir certains nouveaux enjeux technologiques, sociaux, juridiques, éthiques tels que le libre accès à la publication scientifique, le partage de données scientifiques ainsi que les changements de méthodologies que le numérique peut introduire dans les pratiques de recherche (data driven research, recherche participative)…. source France Université Numérique.

Inscription sur France Université Numérique https://www.france-universite-numerique-mooc.fr/courses/VirchowVillerme/06005/session01/about. Voir la présentation sur Dailymotion.

Plan du cours (source France Université Numérique)

Séance 0 : Recherche à l’ère du numérique : quelles transformations ? (séance d’introduction)
Numérique et Recherche
Présentation du MOOC

 Séance 1 : S’appuyer sur des ressources scientifiques existantes
Bibliothèque et numérique : quels défis et quels rôles à jouer ?
Savoir gérer sa bibliographie seul ou en groupe avec Zotero

Séance 2 : Collecter/produire des données scientifiques
Numérique et collecte de données en santé
Daydream : un exemple de collecte de données en ligne

Séance 3 : Traiter/analyser des données scientifiques
Données et numérique : quelles « réelles » transformations ?
Recherche en neurogénétique : exemple d’utilisation de Python et de Github
Analyse de données en épidémiologie avec R

 Séance 4 : Archiver/partager des données scientifiques : données de santé, données sensibles
 Des données partagées aux données ouvertes en recherche
Données de santé, données sensibles : quels droits ? Quelles protections ?
Partage de données médicales anonymisées

Séance 5 : Partager ses résultats scientifiques : écrire et publier
Publier sa recherche à l’ère du numérique : Open Access
Droit d’auteur et licences Creative Commons : quelques précisions utiles avant de publier
Déposer un article dans HAL

GitHub pour les scientifiques : une bonne ou mauvaise manière ouverte d’héberger et de partager les connaissances ?

Sources :

  1. il existe  un service interne pour obtenir un DOI en particulier pour des données,
  2.  concernant Github en tant que forge logiciels, une réflexion est lancée sur la mise en service d’une forge INRA nationale qui garantira la propriété intellectuelle et la pérennité des logiciels,
  3. pour ce qui concerne l’hébergement des données, le chantier interne partage de la donnée a vocation à proposer des solutions de stockage et d’échange des données.

actualisation du 2 juin 2017 :

Préconisation INRA pour l’utilisation d’une forge logicielle

Le document d’orientation #INRA2025 nous implique dans une science ouverte, reproductible et interdisciplinaire, qui s’appuiera sur les avancées technologiques du numérique. Cette préconisation est décrite de façon voulue simple dans la note suivante : INRA-UtiliserForge

Pourquoi et comment les scientifiques utilisent-ils les réseaux sociaux ?

L’usage des réseaux sociaux numériques par les scientifiques intéresse voire interpelle  les différents acteurs de la recherche. Au plan national par exemple, on peut rappeler l’enquête initiée en juin  par Couperin  et relayée dans les différents organismes de recherche français pour préparer le futur projet européen Foster (http://www.couperin.org/site-content/289-foster/1121-le-projet-foster). Le questionnaire d’enquête intègre des questions pour connaître les usages et pratiques des réseaux sociaux de la recherche et de l’Open Access. De plus en plus d’ éditeurs incitent les auteurs à utiliser les réseaux sociaux numériques pour communiquer sur leurs travaux et intègrent sur les pages qui leur sont destinées des passerelles directes vers ces outils. Sur le terrain, les documentalistes constatent la progression du nombre de profils de « leurs chercheurs » sur ces réseaux sans avoir une idée précise de l’engagement des personnes, du temps passé et de la réelle valeur ajoutée de ces outils. Les organismes de recherche enfin craignent aussi l’avantage que semblent parfois prendre ces outils sur les archives institutionnelles auprès des chercheurs .

L’article que publie Richard Van Noorden  dans Nature ce mois -ci  est très intéressant car il présente et sous une forme particulièrement éclairante et lisible les résultats d’une enquête initiée par le journal en mai dernier et à laquelle 3500 personnes issues de 95 pays ont répondu. L’utilisation des principaux réseaux est analysée finement. Le lecteur gagne à lire la version html plutôt que le pdf car l’auteur propose une visualisation graphique et dynamique de l’utilisation de chaque plateforme classée par utilisation décroissante d’un panel de répondants jugés suffisamment « actifs ». Researchgate, Academia.edu, Mendeley, Twitter, Linkedin et FacebooK sont ainsi examinés à la loupe.

  • pourquoi les scientifiques utilisent-ils ces plateformes ?
  • qu’en attendent-ils précisément ?
  • combien de temps y consacrent-ils ?
  • quel est le degré d’engagement et le comportement des utilisateurs de chaque plateforme spécifique
  • y a t-il des différences notables entre les disciplines thématiques et l’âge des répondants

L’affichage de leurs profils personnels, un gain de visibilité professionnelle dans le but de générer des contacts avec d’autres chercheurs semble être le moteur principal des inscriptions. Les autres arguments positifs sont les possibilités de partage de contenus, de contacts étendus, l’accès facile à des documents très pertinents et recommandés, l’utilisation de métriques nouvelles d’évaluation de leurs travaux.

L’article pointe aussi les critiques connues : des utilisateurs (pratique intensive du spam, création artificielle de profils) et des éditeurs vis à vis de ces plateformes (dépôt ou captation abusifs et illégaux de documents …). Il évoque enfin les dispositifs innovants de ces plateformes (par exemple, post-publication reviewing) et les perspectives positives et négatives possibles.

A lire dans :  Van Noorden, R. (2014). Scientists and the social network. Nature, 512, 126-129
http://www.nature.com/news/online-collaboration-scientists-and-the-social-network-1.15711

 

IPOL : une revue innovante pour valider, di ffuser, et partager la recherche en mathématiques appliquées

IPOL-header-logoPour être vérifiable et reproductible, la recherche en mathématiques appliquées doit être accompagnée d’une implémentation complète, fiable et documentée. Pour répondre à ce besoin et valoriser les travaux sur le logiciel, Jean-Michel Morel et Nicolas Limare du CMLA (Centre de Mathématiques et de Leurs Applications) de l’ENS Cachan ont lancé en 2011 IPOL (Image Processing On Line), un journal en ligne et en libre accès, revu par les pairs, qui propose une nouvelle manière de valider, diffuser, et partager la recherche dans ce domaine. IPOL publie des articles décrivant des algorithmes, le code source de ceux-ci et les données, permettant ainsi non seulement de vérifier et de reproduire les résultats et aussi de tester ces algorithmes en ligne avec ses propres données. Les expériences originales sont archivées et accessibles. Les articles sont référencés par un DOI et indexés dans les bases bibliographiques.

Les articles sont sous Creative Commons avec restrictions CC-BY-NC-SA, les données sous Creative Commons ouvert CC-BY et les logiciels sous licence libre GPL, AGPL, LGPL ou BSD.

Vu sur le site Descripteurs : Libérer les Revues et les données de la recherche

Pour en savoir plus :

Utopia Documents : un lecteur de fichier PDF optimisé pour les publications scientifiques

Utopia Documents explore le contenu d’un article au format PDF en s’appuyant sur des ressources externes et sur les enrichissements présents dans le document lorsqu’ils existent.

Il permet ainsi d’afficher directement dans l’interface de visualisation du pdf :

  • la référence correspondante sous différents formats (via CrossRef),
  • l’impact de l’article dans les réseaux sociaux (via Altmetric),
  • les articles en relation (via Mendeley),
  • la politique de dépôt de la revue (via Sherpa/RoMEO),
  • des données en relation avec l’article (via Dryad),
  • des informations sur les molécules, les gènes, les espèces… ou les matériels de laboratoire utilisés (via SciBite, Protein DataBank, dbpedia, AQnowledge,…)

Les enrichissements apportés par les éditeurs sont exploités (exemple des articles enrichis de Portland Press’ Biochemichal Journal ou de la Royal Society of Chemistry : affichage et rotation d’une molécule en 3D, export ou présentation sous une autre forme des données d’un tableau…).

Cette analyse est réalisée automatiquement à l’ouverture du document.

L’image ci-dessous montre la publication « Towards a worldwide wood economics spectrum » juste après son chargement dans Utopia Documents. A droite apparaissent les informations en relation avec cette publication.

la publication "Towards a worldwide wood economics spectrum" juste après son chargement dans Utopia Documents

Cette première analyse peut être complétée par l’exploration des ressources externes à partir d’un terme ou d’une phrase sélectionnés par l’utilisateur (fonction « Explore » disponible via un menu en info-bulle) ou saisis dans une boite de recherche.

Exemple ci-dessous avec terme « Populus » :

la fonction "Explore" sur le terme "Populus"

Le résultat de l’exploration est affiché dans le partie droite de l’écran :

résultat de l'exploration du terme "populus"

Un terme sélectionné par l’utilisateur peut également faire l’objet d’une recherche sur des sites externes (clic droit puis « Lookup selected text ») : NCBI, Quertle, Google, Wikipedia, Dictionary.com et Thesaurus.com.

Tout document peut être annoté (clic droit puis « Annotate document ») au moyen de différents annotateurs : GPCRDB (information system for G protein-coupled receptors), NuclearDB (information system for Nuclear Receptors) et Reflect (Reflect highlights protein and small molecule names).

Exemple d’information obtenue sur la protéine « PgC » après une annotation par Reflect :

Exemple d'information obtenue sur la protéine "PgC" après une annotation par Reflect

Les informations affichées par Utopia documents sont obtenues via des web-services, des accès à des bases de données ou à des entrepôts RDF (Bio2RDF et DBPedia en particulier).

Les utilisateurs peuvent commenter des parties du document et partager ces commentaires.

Utopia Documents est publié par Lost Island Labs Ltd (LIL) en association avec Academic Concept Knowledge Ltd (AQnowledge) ; il est gratuit et disponible pour Mac, Windows et Linux à http://utopiadocs.com.

Site d’information inter-instituts sur les données de la recherche

Le site d’information sur les données de la recherche, créé à l’initiative du ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche, est  une plateforme d’information et de veille sur les données de la recherche. Le CNRS, L’inist, L’inra et l’Inserm et l’IRD en sont partenaires.

Le site propose différentes rubriques : Actualités, Normes formats et protocoles, Politiques et textes de références, Projets et Initiatives ainsi qu’une webographie par type de documents.
Selon la ligne éditoriale, le site  a comme objectifs de :

  • développer les connaissances sur les données de la recherche ;
  • sensibiliser à l’importance qu’elles revêtent ;
  • favoriser la réflexion autour des problématiques qui y sont liées.

Le site s’adresse aux professionnels de l’information scientifique et technique et aux différentes communautés scientifiques qui bénéficient ainsi d’un espace commun d’information sur les problématiques liées aux données.

Il a vocation à être alimenté par un réseau de veilleurs représentatifs des différentes disciplines scientifiques et des métiers, et appartenant à différents établissements de recherche.

http://www.donneesdelarecherche.fr/

Rapport sur l’intégration des données dans les publications

Dans le cadre du projet ODE (Opportunities for Data Exchange), destiné « a soutenir et promouvoir le partage de données, leur réutilisation et leur préservation », un rapport « Report on integration of data and publication« est paru en octobre 2011.

Aujourd’hui, sur le site E-Science, E. Manon nous propose en français une analyse précise et complète de ce rapport. Dans ce billet, sont décrits notamment les pratique et le role de chaque acteur concerné par le traitement des données pour la recherche :  chercheurs,  éditeurs, bibliothèques et gestionnaires de données.

 

OpenAIREplus : connexion entre publications et données de recherches

Lancé le 6 décembre dernier, le projet OpenAIREplus (Open Access Infrastructure for Research in Europe), d’une durée de 30 mois, veut établir un lien entre les publications scientifiques, les données de recherches et les sources de financement qui y sont associées.
Il utilise l’infrastructure du projet OpenAIRE qui donne la possibilité aux scientifiques  de déposer en Open Access publications et résultats des recherches financées par la Commission Européenne. Les chercheurs qui ne peuvent déposer dans une archive compatible OpenAIRE peuvent le faire dans l’archive orpheline disponible sur le site.

Vu sur echosdoc.net

Le site OpenAIRE