Archives de catégorie : Outils utilisés à l’INRA

Publier son vocabulaire dans le web de données : les outils pour commencer

Thésaurus, ontologies et autres ressources sémantiques ont le vent en poupe. Mais par où commencer quand on souhaite développer ou publier son propre vocabulaire ?

  1. S’il sert à indexer, à classifier de l’information,
  2. s’il est organisé de manière hiérarchique,
  3. et contient des libellés dans une ou plusieurs langues,

alors SKOS semble être tout indiqué pour représenter votre vocabulaire de manière standard. En utilisant le modèle SKOS, vous pourrez visualiser et éditer votre thésaurus ou classification dans un certain nombre d’outils et il sera réutilisable par d’autres personnes.

Mais depuis sa création jusqu’à sa publication, plusieurs étapes peuvent être nécessaires pour assurer la qualité de votre vocabulaire SKOS. Le groupe de travail RDA Agrisemantics, co-animé par Sophie Aubin de la DIST Inra, a produit en septembre 2017 un panorama des pratiques de la communauté Agriculture relatives aux technologies et ressources sémantiques. Le rapport met en évidence la complexité du paysage, tant du côté des usages que des technologies mobilisables. S’il n’existe pas aujourd’hui de solution logicielle gratuite qui permette de réaliser la chaîne éditoriale complète, quelques outils libres très intéressants et pour certains faciles à utiliser sont toutefois disponibles pour éditer et publier en SKOS. Mais comment s’y retrouver ?

Sur le blog Sparna, Thomas Francart nous offre un excellent panorama des outils libres pour travailler et publier des vocabulaires en SKOS. La plupart d’entre eux sont déjà utilisés à la DIST et par d’autres équipes Inra, dans le cadre du projet AnaEE par exemple.

Schéma SPARNA etapes-outils

Etapes et outils pour l’édition et la publication en SKOS source: SPARNA

Pour en savoir plus, lisez le billet sur le blog Sparna « Vocabulaires dans le web de données : quels outils open-source ? ». Et découvrez les autres très bon billets de ce blog hautement pédagogique sur les linked data, le web sémantique, la visualisation des données,… et le tout en français !

Logiciels de bibliographie : comparatifs, tutoriels et formations

Le blog La boîte à outils des historiens a publié un billet  : Se former aux logiciels de bibliographie. Emilien Ruiz. 15 mars 2015.

Il s’agit d’une bonne synthèse des ressources où l’on peut comparer les différents outils de bibliographies et trouver des tutoriels en ligne. Voir le support URFIST  de Frédérique Cohen-Adad sur le panorama des logiciels de bibliographie,  le site form@doct de l’université de Bretagne. Le projet  ECLORE , comparateur de logiciels cité dans le billet, est arrêté depuis 2009.

Les logiciels suivants: Zotero, Mendeley, Jabref,  et Bib-Desk  sont ensuite décrits avec des liens pour accéder aux tutoriels en ligne.

Nouvelle fonction dans Mendeley

Dans la dernière version de Mendeley, une nouvelle fonction pratique a été ajoutée au Desktop : « Literature Search ».  Elle permet de lancer une requête sur internet et d’intégrer en un clic les résultats intéressants dans sa propre base. Jusqu’à maintenant, ces requêtes ne pouvaient se faire qu’à partir de l’interface web de Mendeley.

On peut faire une recherche sur les champs suivants : auteur, titre, journal, année et limiter les résultats aux seules publications en Open Access. Un module de recherche sur les noms de personnes  (People) et sur les groupes Mendeley (Groups) est annoncé pour bientôt.

Le billet de blog de Mendeley qui annonce le lancement de cette fonction (http://blog.mendeley.com/progress-update/new-release-literature-search-from-within-mendeley-deskop/) donne également quelques détails sur la syntaxe à utiliser pour obtenir les meilleurs résultats.

Nouveau guide en ligne de Mendeley

La « Librarian Newsletter May 2013 » pointe vers un nouveau guide en ligne du logiciel : http://gettingstarted.mendeley.com/#tabs=intro
Dans ce même numéro, on pourra aussi visualiser une vidéo  de Victor Henning « Mendeley and Open Data » présentée lors de la conférence « Rigour and Openness in 21st Century Science » qui s’est tenue en avril dernier à l’université d’Oxford. Cette présentation est très proche de celle qu’il a donnée dans le cadre du tout récent Forum GFII  29-30/05/2013 à Paris.
Après les réactions provoquées par le rachat de Mendeley par Elsevier, V. Henning co-fondateur du logiciel dédramatise, présente sa vision du futur Mendeley et annonce  le développement de différentes applications pour une ouverture plus large vers des plateformes comme Android ou Kindle, vers des outils comme Altmetrics, des outils collaboratifs comme Dropbox ou  EverNote, des plateformes de formation en ligne comme Moodle, des dépôts institutionnels .
Evolutions à suivre …


 

Article : le dispositif de veille collective pour le réseau IST : l’Observatoire des Technologies

Aventurier, P., Cocaud, S., Dedet, F. (2012). Mise en place d’un dispositif de veille collective pour le réseau IST : l’Observatoire des Technologies. Cahier des Techniques de l’INRA , 123-132.

résumé : Le développement rapide et constant des technologies de l’information scientifique et technique (IST) impose aux professionnels de ce secteur une veille technologique leur permettant d’en suivre les évolutions, d’anticiper ou de proposer des changements, de faire des choix éclairés. Afin d’aider les différents pôles de compétence en IST à organiser, partager, diffuser et valoriser les résultats de cette veille, le pôle «Technologies de l’information scientifique et technique » a mis en place un dispositif nommé « Observatoire des  Technologies ».

Celui-ci repose sur un réseau de veilleurs qui utilisent divers outils, partagent des sources d’information et diffusent une information filtrée et enrichie sur un blog commun.

Cet article décrit l’organisation humaine et technique sur laquelle s’appuie ce dispositif.

Accès au document dans Prodinra (p. 123)

Un style de citation standard pour Zotero

4 nouveaux styles Zotero basés sur la norme ISO 690(1) ont été créés et mis à disposition sur le site Zotero Style Repository :

Ces styles qui ne sont pas liés à une revue spécifique sont utilisables en particulier pour les travaux d’étudiants. Ils sont le fruit d’un projet associant des personnels de la Haute École de Gestion de Genève et de l’École Polytechnique Fédérale de Lausanne.

L’article(2) soulève les difficultés techniques rencontrées par les auteurs et les choix qu’ils ont fait pour garantir une correspondance maximale des styles avec la norme ISO 690.

  1. Extraits de la norme internationale ISO 690:1987 : Information et documentation — Références bibliographiques – Contenu, forme et structure. Disponible sur le Web :http://web.archive.org/web/20070930165113/http://www.collectionscanada.ca/iso/tc46sc9/standard/690-1f.htm
    Extraits de la norme internationale ISO 690-2 : Information et documentation — Références bibliographiques — Partie 2 : Documents électroniques, documents complets ou parties de documents. Disponible sur le Web : http://web.archive.org/web/20070611182122/http://collectionscanada.ca/iso/tc46sc9/standard/690-2f.htm
  2. MELLIFLUO Laure, HARDEGGER Michel, GROLIMUND Raphaël. Un style de citation standard pour Zotero. Ressi. 2011, 12. Disponible sur le Web : http://www.ressi.ch/num12/article_079. 1661-1802

 

EndNote X.5 disponible !

Depuis 10 ans : pas une année (ou presque) sans sa version EndNote …

Voici les nouveautés de la version X.5 accessible dès maintenant en version windows et à partir de septembre en version Mac.

  • Visualisation des fichiers PDF associés aux références dans EndNote avec possibilité de recherche, surlignage de termes, et  annotationdu document (nouvel onglet d’édition : PDF and Quick Edit)
  • dans EndNote Web : il est possible désormais d’attacher des fichiers ou des images aux références. Lors du transfert de ces références de EndNote Web vers la version EN X.5, ces fichiers sont également transférés.
  • nouvelle fonctionnalité dans les styles d’édition : la possibilité d’éditer le contenu d’un champ si un autre est vide.
    Exemple d’application : éditer dans une liste bibliographique le DOI de préférence, mais à défaut l’URL  si le DOI  n’est pas disponible.
  • l’affichage des doublons s’améliore : le système met en évidence les différences de contenu entre les références identifiées comme doublons. L’utilisateur  peut alors facilement compiler  les données à partir des deux références et compléter celle qu’il conservera dans sa base.
  • Possibilité de mise à jour « automatique » de références encore incomplètes à partir d’une recherche « online » (Find Reference Updates)
  • Quelques améliorations du module CWYW : possibilité dans les citations de type « auteur-date » de ne pas afficher l’auteur dans le texte  dès l’insertion de la citation et plus seulement a posteriori, possibilité de mentionner la référence à une source seulement dans la liste bibliographique sans la faire apparaitre comme citation dans le texte.
  • Quelques ajouts : deux nouveaux types de documents (Dataset et Music) et deux nouveaux champs descriptifs pour les articles (Article Number, NIHMSID)

Pour en savoir plus sur les fonctionnalités de cette version :

Sur les conditions de diffusion (tarifs, version de démonstration …)