Archives de catégorie : Service web

API ISTEX : tutoriels d’interrogation

L’INIST-CNRS vient de mettre à disposition (24/10/2016) de courts tutoriels pour découvrir et utiliser l’API de la plateforme ISTEX (initiative d’excellence en Information scientifique et technique). Pour le moment 3 modules sont proposés avec de nombreux exemples de requêtes.

Voir aussi : la documentation de l’API ISTEX

Ferret : une extention Chrome pour enrichir vos lectures d’articles en biosciences

Ferret est une extention du navigateur Chrome qui permet des fonctionnalités intéressantes à partir de vos lectures d’articles comme l’historique de vos lectures, un résumé automatique, l’identification de noms d’espèces ou de composés chimiques ou encore les différents commentaires qui ont été publiés sur l’article. Il semble être conçu pour fonctionner sur des sources biomédicales.

Ferret lie  les articles à d’autres sources de données et services. Plus de 25 sources sont connectées comme ChEBML, KEGG, UniProt, Altmetrics, FigShare et PubPeer.

Sur l’article suivant affiché dans le navigateur Chrome, l’extention Ferret a automatiquement reconnu les protéines, les espèces, les chaines de textes sur l’anatomie etc…

ferretutilisation

 

source :  Ferret.ai launched! Thursday 24 September 2015. http://ferret.ai/blog/detail/ferret-ai-launched

re3data : une première version d’API disponible

Re3data_Logo_RGB_72dpire3data, répertoire d’entrepôts pour les données de la recherche (1130 entrepôts en mars 2015 avec un accroissement moyen de 10 entrepôts par semaine), vient de mettre à disposition une première version d’API, en test, qui permet aux développeurs de récupérer au format XML d’une part la liste des entrepôts et d’autre part la description complète d’un entrepôt identifié.

Les nouveautés de l’archive ouverte HAL v3

Ce billet reprend 2 billets du blog du CCSD http://blog.ccsd.cnrs.fr. Les nouveautés de HAL V3 du 27 juin 2014 et Les API dans HAL v3 du 15 novembre 2013.

Dans les Nouveautés de HAL V3. Le billet décrit la présentation qui a eu lieu dans trois URFIST différents sur les nouveautés de la version 3 de HAL. Au niveau technique sont présentés l’authentification  centralisée, les licences dans HAL et Créative Commons, le moteur  de recherche SOLR et  les API de  recherche (interrogation base et référentiels).

Voir le diaporama Halv3 presentation_ juin_2014 from OAccsd.

Le second billet, Les API dans HAL v3 , détaille, avant la sortie de HAL V3,  les API  disponibles en SWORD (Simple Web-service Offering Repository Deposit). SWORD est un standard d’échanges international fondé par le JISC (Joint Information Systems Committee) pour les imports.

Capturesword

Extracteur de métadonnées :  la V3 de HAL intégrera le même extracteur de métadonnées open source (https://github.com/kermitt2/grobid) que ResearchGate.

Pré-remplissage de méta-données : Lors du dépôt de l’article, des méta-données préremplies et consolidées avec Crossref quand c’est possible, seront proposés.

Moteur de recherche :  Les API s’appuyant sur les fonctionnalités du moteur de recherche Solr seront plus puissantes et permettront d’interroger plus finement les documents déposés et  les référentiels.

L’intégration de Zotero avec les dépots institutionnels financée par Andrew Mellon Foundation

L’équipe de Zotero a annoncé hier l’octroi d’une bourse de l’Andrew Mellon Foundation à hauteur de 440 000 dollars pour financer une collaboration entre les universités George Mason et Penn State. Le but de cette collaboration est  l’intégration de Zotero avec les dépôts institutionnels :  récupération des information par glisser/déposer, mais aussi des dépôts de chercheurs de  l’Université Penn State (dans leur site de dépôt ScholarSphere à partir de Zotero.

Pour en savoir plus,  lire la source de ce billet : Clavert, Frédéric. “Quelques Nouvelles Sur Le Futur de Zotero.” Zotero Francophone, April 17, 2014. http://zotero.hypotheses.org/628.

voir aussi : Takats, Sean. “Feeds and Institutional Repositories Coming to Zotero.” Zotero, April 16, 2014. http://www.zotero.org/blog/feeds-and-institutional-repositories-coming-to-zotero/.

 

Utopia Documents : un lecteur de fichier PDF optimisé pour les publications scientifiques

Utopia Documents explore le contenu d’un article au format PDF en s’appuyant sur des ressources externes et sur les enrichissements présents dans le document lorsqu’ils existent.

Il permet ainsi d’afficher directement dans l’interface de visualisation du pdf :

  • la référence correspondante sous différents formats (via CrossRef),
  • l’impact de l’article dans les réseaux sociaux (via Altmetric),
  • les articles en relation (via Mendeley),
  • la politique de dépôt de la revue (via Sherpa/RoMEO),
  • des données en relation avec l’article (via Dryad),
  • des informations sur les molécules, les gènes, les espèces… ou les matériels de laboratoire utilisés (via SciBite, Protein DataBank, dbpedia, AQnowledge,…)

Les enrichissements apportés par les éditeurs sont exploités (exemple des articles enrichis de Portland Press’ Biochemichal Journal ou de la Royal Society of Chemistry : affichage et rotation d’une molécule en 3D, export ou présentation sous une autre forme des données d’un tableau…).

Cette analyse est réalisée automatiquement à l’ouverture du document.

L’image ci-dessous montre la publication “Towards a worldwide wood economics spectrum” juste après son chargement dans Utopia Documents. A droite apparaissent les informations en relation avec cette publication.

la publication "Towards a worldwide wood economics spectrum" juste après son chargement dans Utopia Documents

Cette première analyse peut être complétée par l’exploration des ressources externes à partir d’un terme ou d’une phrase sélectionnés par l’utilisateur (fonction « Explore » disponible via un menu en info-bulle) ou saisis dans une boite de recherche.

Exemple ci-dessous avec terme “Populus” :

la fonction "Explore" sur le terme "Populus"

Le résultat de l’exploration est affiché dans le partie droite de l’écran :

résultat de l'exploration du terme "populus"

Un terme sélectionné par l’utilisateur peut également faire l’objet d’une recherche sur des sites externes (clic droit puis “Lookup selected text”) : NCBI, Quertle, Google, Wikipedia, Dictionary.com et Thesaurus.com.

Tout document peut être annoté (clic droit puis “Annotate document”) au moyen de différents annotateurs : GPCRDB (information system for G protein-coupled receptors), NuclearDB (information system for Nuclear Receptors) et Reflect (Reflect highlights protein and small molecule names).

Exemple d’information obtenue sur la protéine “PgC” après une annotation par Reflect :

Exemple d'information obtenue sur la protéine "PgC" après une annotation par Reflect

Les informations affichées par Utopia documents sont obtenues via des web-services, des accès à des bases de données ou à des entrepôts RDF (Bio2RDF et DBPedia en particulier).

Les utilisateurs peuvent commenter des parties du document et partager ces commentaires.

Utopia Documents est publié par Lost Island Labs Ltd (LIL) en association avec Academic Concept Knowledge Ltd (AQnowledge) ; il est gratuit et disponible pour Mac, Windows et Linux à http://utopiadocs.com.

Les usages des outils en ligne par les bibliothécaires

Voici les résultats d’une enquête menée auprès de bibliothécaires sur leurs usages des outils en ligne dans le cadre professionnel mais aussi personnel. Le billet est en anglais et le choix d’affichage des résultats ne permet pas vraiment de comparer les usages professionnels et personnels, mais on peut noter que 48% des “sondés” n’utilisent jamais les fils RSS dans l’exercice de leurs fonctions…

Lire le billet sur BlogJunction…

Google Scholar Citations

Google, via Google Scholar, s’apprête à se lancer dans l’analyse des citations scientifiques. Google Scholar Citations, pour l’instant en accès restreint, permettra notamment de lier les citations à son profil, de déclarer ses articles et de suivre leurs citations dans les revues.

Ici le billet présentant l’outil sur le blog de Google Scholar, et  l’exemple du profil d’Albert Einstein…

Dynamiser l'affichage de vos données avec Public Data explorer ?

Le site Abondance, nous signale que l’outil Public Data Explorer, basé sur un système racheté par Google en 2007, est maintenant disponible à tous les internautes (en version béta).

Après chargement et conversion au format Dataset Publishing Language (basé sur le format XML) des données proposées par l’internaute, celles-ci s’animent pour un rendu visuellement très intéressant (voir un exemple ici)

Simple gadget ou véritable “plus”, l’avenir nous dira si cet outil s’impose aux chercheurs… et aux documentalistes pour présenter et analyser leurs données…

Bibliothèque et réseaux sociaux : accès au catalogue depuis Facebook

La présence des bibliothèques sur des réseaux sociaux tel que Facebook, va t’elle se généraliser ? Et dans quel but ?

A la lecture du billet Accès au catalogue depuis Facebook paru sur le Blog aka Reup : du biblio-blabla…, il semble que cette présence gagne en légitimité et ne se cantonnerait plus a un simple affichage.

En effet, la manip décrite dans le billet  permet, in fine, d’interroger directement le catalogue de la bibliothèque à partir de la page Facebook, voire de “rapatrier” les internautes vers le catalogue en ligne de la bibliothèque.
Tout le processus permettant l’implémentation du code dans votre page Facebook est ici décrit très précisément . Il ne reste plus qu’a se lancer…..