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Les aspects techniques pour les services de preprints

Un pre-print est une contribution scientifique non validée par les pairs, qui peut être destinée à la publication, mais ce n’est pas une obligation [1]. Les initiatives autour des pre-prints se multiplient et ce type de publication devient de plus en utilisé en sciences de la vie (voir figure 1).

Le document Technical aspects of preprint services in the life sciences: a workshop report [2] reprend les conclusions d’un workshop Asapbio qui est une initiative visant à promouvoir l’usage du preprint en biosciences et dans les communautés en sciences de la vie pour indiquer des recommandations techniques pour les serveur de preprints. Différents acteurs  – éditeurs, financeurs, scientifiques et institutions – ont participé à ce travail. Les recommandations, synthétisées dans le tableau 3 de l’article, concernent entre autres :

  •  l’utilisation de standards (les métadonnées doivent être compatibles avec schema.org et reconnaître les API comme OAI-PMH,
  • l’utilisation d’identifiants pérennes pour les auteurs,  les organisations etc. pour lier les ressources,
  • la convertion des documents dans le format ouvert JATS et/ou XHTML,
  • l’utilisation de licences et de technologies ouvertes pour les applications logicielles
  • l’utilisation de bonnes pratiques pour la vérification manuelle des manuscrits, ainsi que l’utilisation de machine screening (vérification automatique),
  • l’incitation pour le dépôt et le partage des données dans les entrepôts appropriés, mais aussi  faciliter le dépôt direct des supplementary  materials qui devront avoir des identifiants et être correctement indexés et sauvegardés,
  • l’acceptation des soumissions en Word et la diffusion rapide en PDF
  • l’accessibilité des documents pour la fouille de texte et les traitements logiciels
  • le transfert simple des preprints vers le workflow des journaux traditionnels.
évolution des preprints en biologie - http://asapbio.org/preprint-info/biology-preprints-over-time

Figure 1 – Evolution des preprints en biologie – http://asapbio.org/preprint-info/biology-preprints-over-time

 

Sources :

  1. “Les Pre-Prints En 10 Points.” Marlène’s Corner, February 26, 2017. https://marlenescorner.net/2017/02/26/les-pre-prints-en-10-points/.
  2. Chodacki J, Lemberger T, Lin J, Martone M, Mietchen D, Polka J, Sever R, Strasser C (2017) Technical aspects of preprint services in the life sciences: a workshop report. Research Ideas and Outcomes 3: e11825. https://doi.org/10.3897/rio.3.e11825
  3. “ASAPbio : towards a Central Service for Preprints in the Life Sciences”. AIMS Blog.  http://aims.fao.org/activity/blog/asapbio-towards-central-service-preprints-life-science

Voir aussi  les présentations du séminaire  INRA “Publier Autrement” organisé par l’INRA, le 10 Janvier 2017 : https://seminaire.inra.fr/publier/Diaporamas

SocArXiv, nouveau serveur de preprints en sciences sociales

SocArXiv,  est une plateforme open access, open source en sciences sociales, ouverte depuis le 7 décembre 2016, en beta version. Ce site créé en partenariat avec le Center for Open Science (COS)  fournit un service gratuit et non commercial pour la partage des documents scientifiques. Coté technique, il a été construit sur  le  Open Science Framework,  une plateforme générique qui permet aux chercheurs de déposer leurs données, leurs résultats de recherche et leurs codes.

Cette plateforme constitue une alternative  au site Social Science Research Network (SSRN) racheté par Elsevier en 2016 (voir notre billet du 1er juin 2016).

Le COS a ouvert un serveur générique de preprints  le “open preprint repository network”. Ce systéme  héberge  SocArXiv   et permet l’intégration de documents provenant de différents services comme  arXiv (maths et physique),  bioRxiv (Biologie), et les autres  communautés hébergées par COS, dont  engRxiv, and PsyArXiv. (3)

socarchiv

Accès au site https://osf.io/preprints/socarxiv

Sources :

(1) Price, Gary (2016). SocArXiv Formally Launches in Beta Today and Announces Grants From Open Society and Sloan Foundations. InfoDocket. 7 Décembre 2016. http://www.infodocket.com/2016/12/07/repositories-socarxiv-formally-launches-beta-today-announces-grants-from-open-society-and-sloan-foundations/ . Consulté le 12/12/2016.

(2) Cohen, Philip N. (2016). SocArXiv launches, brings sociology and social science into the open, with new grant support.  Scooped. 7 décembre 2016. https://socopen.org/2016/12/07/socarxiv-launches-brings-social-science-out-into-the-open/ Consulté le 12/12/2016.

(3)  SocOpen: Home of SocArXiv (2016).  https://socopen.org. Consulté le 12/12/2016.

Elsevier achète le site de preprints en sociologie SSRN

L’information a été largement diffusée et à fait l’objet de nombreux commentaires.

Social Science Research Network (SSRN) a plus de 2 millions d’utilisateurs inscrits, 671 000 résumés de documents et plus de  300 000 auteurs. Sa technologie CiteReader a extrait plus de 9 millions de références et  9 millions de notes de pied de pages, et lié 6 millions de citations de 562 000 documents en full text dans la base eLibrary. Sur le site on peut lire : We have good news! SSRN is joining Mendeley and Elsevier. 

SSRN-goodnews

selon le site Actuallité [1] :

En ligne depuis 1994, SSRN fait état de quelque 600.000 publications et 300.000 auteurs inscrits. Le PDG de la plateforme, Gregg Gordon, espère doubler la taille et l’audience de la société en 5 ans, sur le modèle de la croissance de Mendeley, racheté en 2013 par Elsevier pour 65 millions £, selon certaines sources. En 3 ans, ce service de suivi des publications est passé de 2 à 5 millions d’utilisateurs. L’organigramme de SSRN restera le même, assure Elsevier, tout comme le modèle freemium. 

 SSRN serait ensuite relié à Mendeley, un outil de gestion et de partage des références bibliographiques pour renforcer un peu plus  la diversité des activités de Elsevier dans la communication scientifique [3] ou son contrôle de la communication scientifique [4].

La cause principale de cette opération pourrait être la récupération des données sur les chercheurs déposées dans cet outil [2].

Un billet sur le site OpenAire met en avant le fait que la vente de SSRN, qui a été effectuée par des promoteurs de l’open access (les créateurs de la plateforme), est très trouble pour les utilisateurs qui n’étaient pas forcément conscient que SSRN appartenait à une entité privée depuis sa création en 1994 [5].

Cet achat ne change cependant pas les modalités d’utilisation du réseau SSRN. D’un point de vue technologique sera intéressant de voir comment SSRN et Mendeley seront reliés, les réseaux sociaux académiques ayant très peu de fonctionnalités de gestion de la la bibliographie, à l”inverse Mendeley.

Quelques enseignements à la suite de cet achat :

  • Le flou autour d’outils qui semblent appartenir à des institutions scientifiques mais qui sont en fait détenus par des entreprises ou entités privées ;
  • Dans les mentions de copyright du site  il n’est pas mentionné que  SSRN retient des droits sur les articles… cependant l’ensemble des papiers et la mise en forme par le réseau correspond à une valeur marchande qui a bien été vendu alors qu’individuellement on peut pas réutiliser un document à usage commercial  http://www.ssrn.com/en/index.cfm/dmca-notice-policy/.
  • Nous observons régulièrement que des projets ou des outils disparaissent, changent de modèles économiques en modifiant leur offre gratuite en payante ou encore en étant rachetés par des sociétés à but lucratif. En 2013, nous publiions le billet Elsevier achète Mendeley ;

[1] Oury, Antoine (2016). Elsevier s’achète le réseau social de chercheurs SSRN.Actuallité. https://www.actualitte.com/article/monde-edition/elsevier-s-achete-le-reseau-social-de-chercheurs-ssrn/65039Kelty,

[2] Christopher M. (2016). It’s the Data, Stupid: What Elsevier’s purchase of SSRN also means. Savage Minds. 20/05/2016. http://savageminds.org/2016/05/18/its-the-data-stupid-what-elseviers-purchase-of-ssrn-also-means/

[3] Gordon, Gregg. SSRN—the leading social science and humanities repository and online community—joins Elsevier . Elsevier Connect. 17/052016.  https://www.elsevier.com/connect/ssrn-the-leading-social-science-and-humanities-repository-and-online-community-joins-elsevier.

[4] Elsevier’s increasing control over scholarly infrastructure, and how funders should fix this. Sauropod Vertebra. 22 /05/2016. https://svpow.com/2016/05/22/elseviers-increasing-control-over-scholarly-infrastructure-and-how-funders-should-fix-this/

[5] Ross-Hellauer, Tony (2016). After SSRN: Hallmarks of trust for subject repositories. Blogs.OpenAire.eu : infrastructure services & data, scholarly communication. 25/05/2016. https://blogs.openaire.eu/?p=933

Crossref va permettre d’associer des DOI spécifiques aux préprints

A partir du mois d’août 2016, Crossref  va modifier sa politique d’enregistrement des documents auprès de ses membre et va permettre d’assigner des Digital Object Identifiers (DOIs) à des “duplicative works.”  La nouvelle politique signifie que les préprints auront des  DOIs séparés des versions ultérieures et pourront être enregistrés auprès de Crossref. Les différentes versions seront ensuite reliées.

L’article rappelle que “Preprint” est un terme qui a différentes significations mais celle retenue par Crossref est :  “un contenu original qui a pour objectif d’être publié dans une publication classique, incluant un contenu qui a déjà été soumis, mais pas encore accepté pour publication”.(original content which is intended for formal publication, including content that has been submitted, but has not yet been accepted for publication).

Source : Crossref To Accept Preprints In Change To Long-standing Policy. http://www.science20.com/news_articles/crossref_to_accept_preprints_in_change_to_longstanding_policy-171985. Accedé le 6 mai 2016.