Archives de l’auteur : Dominique L'Hostis

Une nouvelle façon de publier la recherche ?

Diapositive1 Annoncé depuis quelques mois sur Twitter, RIO pour “Research Ideas and Outcomes” se présente comme un  “journal” d’un genre nouveau publié par Pensoft. Fondé en 1992 en Bulgarie , « par des universitaires , pour les universitaires », initialement concentré sur l’édition de livres, cet éditeur est depuis 2010 pionnier en étiquetage et enrichissement sémantique d’articles scientifiques.

La société développe des outils, des workflows et des méthodes innovantes pour la publication d’information et de données scientifiques. Promoteur de la notion de “Data Paper” , Pensoft publie une série de Data Journals spécialisés en biologie, pour lesquels il revendique un processus éditorial complet (Peer Review inclus) particulièrement rapide.

Exemple : Biodiversity Data Journal

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La dernière production de Pensoft, RIO, est en réalité plutôt une plateforme ouverte, qui fonctionne avec un modèle économique “auteur-payeur”, permettant la publication de l’ensemble des différents produits issus d’un processus de recherche (liste complète dans le tableau ci-dessous) y compris d’informations habituellement non publiées : propositions de projets, données, méthodes, workflows, logiciels, rapports de projet, articles de recherche. Ce type de productions, plutôt souterraines, représentent un travail important pour les scientifiques. Ce nouveau dispositif a pour objectif d’en faciliter la diffusion et ainsi de développer, de soutenir les interactions inter- et transdisciplinaires entre les différents acteurs de la recherche (chercheurs, financeurs, étudiants, communicants …).

La couverture thématique est étendue à l’ensemble des domaines de la recherche universitaire, qu’il s’agisse des sciences et technologies, ou des sciences humaines et sociales.

Innovation technique

Une plate-forme intégrative “ARPHA” (http://arpha.pensoft.net//tips_and_tricks) guide les auteurs aux différentes étapes du processus éditorial :  de la création d’un objet (publication) à  son examen (peer reviewing) et sa diffusion. Des templates personnalisables sont fournis aux auteurs pour décrire les différents types de documents acceptés qui peuvent ou non être rassemblés dans une collection contextualisée (entité cohérente autour d’une même idée, d’une même structure …).

Liste des types d’objets acceptés dans RIO

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Peer Review, nouvelle formule et processus en étapes

L’innovation est aussi dans l’organisation revisitée du processus éditorial et notamment de l’étape du Peer Reviewing.

En effet, la plateforme ARPHA permet aux auteurs de travailler sur un manuscrit de façon collaborative dès les premières étapes du processus de rédaction (étape draft) pour  l’analyser, le commenter, l’annoter, le compléter, y intégrer la bibliographie.

Sauf exception (pour quelques types spécifiques), une phase de pré-soumission obligatoire est ensuite activée : les auteurs invitent des personnes de leur domaine (hors co-auteurs) pour évaluer la pertinence et la qualité de leur publication.  Pour éviter toute dérive, le processus se veut transparent : les auteurs engagent leur responsabilité en signant un “Mandatory Author’s Statement”, les reviewers sont identifiés et les avis publiés.
Cette phase est suivie d’une étape de vérification technique automatique du manuscrit, puis d’un examen par le bureau éditorial de RIO pour valider la conformité technique, vérifier le respect des exigences éthiques, et  détecter  d’éventuelles anomalies .

Processus de Peer-reviewing

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Enfin, à l’issue d’un processus au délai sensiblement raccourci (d’après RIO), le manuscrit est publié sous différents formats (HTML, PDF, XML), il est qualifié de “Reviewable publication” et accompagné du rapport d’évaluation de cette première phase de reviewing.

L’auteur peut ensuite choisir une étape supplémentaire d’évaluation (post review) organisée par le journal RIO, et identique à celle coordonnée traditionnellement par les éditeurs. Si cette étape supplémentaire est réalisée et que l’article est validé, le statut de l’article bascule alors en « validated publication ». Deux rapports représentant respectivement les phases de pré et post-reviewing peuvent potentiellement accompagner un article.

Processus de Post-reviewing

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Une stratégie d’ouverture affirmée

Tous les contenus sont accessibles en lecture et associés à une licence de type CC (CC By 4.0 par défaut, ou CC0 ) pour encourager leur réutilisation. RIO souhaite également encourager la rédaction de documents de synthèse (état de l’art) thématiques, et la création d’articles dans Wikipedia.

Un modèle d’avenir ?

Des freins à ce nouveau modèle d’ouverture existent mais RIO met en avant les arguments suivants pour le nouveau modèle proposé :

  • pour les auteurs : une aide technique précieuse via la plateforme ARPHA, et un gain de temps appréciable de l’ensemble du processus éditorial,
  • pour les reviewers : la possibilité grâce à la transparence du dispositif d’avoir une reconnaissance de leur travail de reviewing (rendu citable par un DOI).

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RIO fonctionne sur le modèle économique des APC. Leur coût est modulable en fonction des options choisies par l’auteur (http://riojournal.com/about#Low-Cost-Publishing)

L’interface de recherche paraît conviviale et propose de nombreuses facettes pour filtrer les résultats.

À ce jour, seuls quelques articles ont été publiés. Le modèle est innovant et rend visibles et accessibles les processus de recherche, les résultats et leur évaluation par les pairs (“Open Reviewing”).

On trouve dans le bureau éditorial, des noms connus comme P. Suber mais aussi déjà sur internet des expressions plus  sceptiques sur le devenir de ce “journal” :
http://www.sciencemag.org/news/2015/09/new-journal-wants-publish-your-research-ideas

À  suivre,  pour voir s’il sera réellement apprécié ou non de la communauté scientifique.

Texte rédigé par Dominique L’Hostis, Marianne Peiffer et Sylvie Zasser à partir de l’article :

Mietchen, D., Mounce, R., & Penev, L. (2015). Publishing the research process. Research Ideas and Outcomes, 1, e7547.  10.3897/rio.1.e7547
et des informations publiées sur le site de RIO (http://riojournal.com/)

EndNote X.7.4 : nouveau module « Manuscript Matcher »

La mise à jour gratuite X.7.4  (pour les détenteurs de la  version X.7)  de EndNote  propose une nouvelle fonction d’aide pour trouver des revues de publication pertinentes.

Dans la barre d’outils de EndNote web (plus exactement « EndNote Basic »), un nouvel onglet cliquable « Match » apparait. Il active un module qui permet à partir des éléments d’un manuscrit d’article de recherche, d’identifier des revues de publication pertinentes qui correspondent (matchent) à la thématique et aux références bibliographiques du document soumis.

A partir du titre et du résumé, complétés éventuellement des références bibliographiques enregistrées au préalable dans un groupe EndNote, un algorithme travaille sur les données issues du Web of Science, du Journal Citation Reports et d’autres sources pour établir une liste de revues candidates, soumises à l’appréciation de l’auteur.

Pour chaque titre sélectionné, différentes informations sont fournies : correspondance des mots-clés, facteur d’impact, rang dans les différentes catégories thématiques associées, quartile de notoriété …

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Un bouton « Submit » permet enfin d’initier le processus de soumission à la revue de son choix.

A tester et comparer à des solutions proposées par d’autres outils comme :

 

Une palette d’outils pour les chercheurs

A l’heure de la « transition numérique », chacun peut se sentir un peu désorienté par la multiplication des outils qui fleurissent sur la toile, utilisables pour une gamme d’actions très variées touchant à la fois aux sphères personnelle et professionnelle.

En recherche, comme dans les autres secteurs, l’offre est très large, les outils nombreux et évolutifs,  souvent en interaction les uns les autres. Comment connaître, comparer et évaluer les outils disponibles ? quelles sont les grandes tendances d’utilisation ?

Des pistes de réponses sont données sur un site original développé par l’université d’Utrecht : Innovations in Scholarly Communications. Changing research workflows.

L’ambition affichée de ce site est de présenter d’une part l’offre en matière d’outils pour la recherche, de l’autre d’identifier et tracer grâce à une large enquête internationale, les usages réels de ces outils et leur impact sur le comportement et le travail des scientifiques.

Plus de 550 outils ou sites sont répertoriés et décrits. Une liste et une représentation graphique originale de cette palette d’outils sont proposées.

L’enquête  s’adresse  à tous les acteurs de la recherche (des étudiants aux chercheurs et  professeurs ) , ou d’appui à la recherche (documentalistes, éditeurs, financeurs ). Ouverte depuis mai 2015, elle restera active jusqu’en février 2016. En août 2015, plus de 4000 personnes y avaient répondu  (26% issues secteur IST, 63% de la communauté scientifique internationale). Les résultats établis sur les 1000 premières réponses sont déjà consultables en ligne. Leur lecture est intéressante et éclairante. Elle confirme comme d’autres enquêtes  l’usage grandissant des réseaux sociaux. Elle permet d’avoir une image des positions relatives par famille d’outils, de pointer certains positionnements dominants ou émergents (Google Scholar, ResearchGate, Twitter…) et celui des outils institutionnels. A terme, les responsables du projet espèrent aussi pouvoir identifier des différences de comportement dans les usages selon les disciplines, les origines géographiques …

Au delà des résultats  de l’enquête, une autre originalité est la présentation de  différents types de  « worflows » possibles qualifiés selon les outils utilisés aux différentes étapes du travail de recherche de : traditionnel, moderne, open science,  innovant, expérimental…

Le site liste enfin, par type d’activité,  les tendances,  attentes, incertitudes, opportunités ou défis sur les développements des outils et leurs usages.

Le poster ci-dessous présenté par les responsables du projet à la conférence  Force2015   (Oxford, Janvier 2015) résume l’ensemble de la démarche.

tableautendances-outils-usages

Prenez plaisir comme moi, à découvrir ce site coloré, clair et riche en informations.

Liens utiles :

Pour mémoire, d’autres sites inventorient des outils utiles en recherche

http://dirtdirectory.org/

Outils 2.0
Webographie de sites gratuits avec une interface en français

Paperity, nouvel agrégateur d’articles en OA

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Test très rapide de ce  tout nouvel agrégateur dont l’objectif affiché est de mettre à disposition de façon exhaustive les articles Peer Review publiés en Open Access.

L’interface de recherche est simplissime : une seule fenêtre de recherche à la Google et surtout  ni aide, ni module de recherche avancée visibles ?

Questionné, le site-support,  par la voix de Marcin Wojnarski (fondateur du site) confirme la volonté de démarrer avec un mode search très simple et demande un peu de patience… Il précise que la syntaxe courante utilisée sur la plupart des moteurs de recherche est utilisable sur Paperity et que des spécifications détaillées seront bientôt publiées.

En attendant de plus amples explications, quelques retours sur des essais très rapides :

  • Outre son objectif affiché d’exhaustivité, l’originalité du site tient en l’agrégation (c’est le mot employé)  entre la référence et le texte intégral (pdf). A  la différence de sites proches comme Pubmed Central ou le DOAJ qui exposent les métadonnées des articles mais redirigent vers des sites externes pour l’accès au texte intégral Paperity s’adapterait à toutes les technologies utilisées par les périodiques pour afficher directement les contenus des articles… Effectivement, la lecture des pdf qui se chargent dans une fenêtre sous chaque référence examinée est agréable et assez rapide (mais cela varie selon la source).
  • On a sous la main les commandes habituelles que l’on trouve dans les lecteurs intégrés et en plus, la possibilité de twitter pour partager un document …
  • J’ai également noté quelques  similitudes avec Mendeley : une commande de copie au format txt du contenu des pdf est disponible (cette fonction a été aussi annoncée dans Mendeley – nouvel onglet « enrichments » visible pour certains articles en OA mais rarement (ou plus)  active à ma connaissance) et le système ramène automatiquement à gauche dans une fenêtre « see also » des articles connexes (la fonction « Related Documents » de Mendeley fait la même chose, mais l’algorithme ne me semble pas ramener les mêmes documents).

Pour la syntaxe de recherche, il semble que :

    • les guillemets sont reconnus pour encadrer une expression littérale,
    • le signe + peut être utilisé pour obtenir une combinaison, l’espace pour le OR implicite …
    • les parenthèses permettent d’isoler des groupes de termes …

mais les requêtes sont difficiles à écrire sans règles explicites, ni surtout la possibilité de rechercher ou limiter sur des champs d’interrogation spécifiques. Enfin, à partir de la liste des résultats à une requête d’interrogation, aucune fonction d’export n’est actuellement proposée.

Voilà quelques impressions à chaud sur ce nouvel outil, à suivre…

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EndNote améliore sa fonction de partage collaboratif

library-partage La toute nouvelle version X.7.2 de EndNote vient d’être diffusée. Annoncée depuis quelques semaines, elle améliore les possibilités de partage de « bibliothèques » (au sens fichier bibliographique) avec d’autres utilisateurs du logiciel. Une personne peut ainsi inviter jusqu’à 14 autres utilisateurs, tous devant  posséder une version de X.7 (Mac ou windows) pour constituer un groupe collaboratif qui pourra partager des références bien sûr mais aussi les fichiers de texte intégral pdf associés, annotés éventuellement, et ce sans limite de consommation d’espace. L’accès et l’annotation simultanés sont possibles en temps réel dans la base ainsi partagée.

Le logiciel se rapproche ainsi d’autres outils concurrents. Pas de surcoût affiché mais tous les participants à un groupe de partage (15 personnes maximum : le propriétaire initial + 14 invités) doivent posséder la version EndNote X.7 qui elle n’est pas gratuite et un compte EndNote online…

La procédure est détaillée sur le site officiel de EndNote. Petit bémol après un premier test : la synchro des fichiers pdf semble un peu longue (dans la configuration du test)

 

 

Pourquoi et comment les scientifiques utilisent-ils les réseaux sociaux ?

L’usage des réseaux sociaux numériques par les scientifiques intéresse voire interpelle  les différents acteurs de la recherche. Au plan national par exemple, on peut rappeler l’enquête initiée en juin  par Couperin  et relayée dans les différents organismes de recherche français pour préparer le futur projet européen Foster (http://www.couperin.org/site-content/289-foster/1121-le-projet-foster). Le questionnaire d’enquête intègre des questions pour connaître les usages et pratiques des réseaux sociaux de la recherche et de l’Open Access. De plus en plus d’ éditeurs incitent les auteurs à utiliser les réseaux sociaux numériques pour communiquer sur leurs travaux et intègrent sur les pages qui leur sont destinées des passerelles directes vers ces outils. Sur le terrain, les documentalistes constatent la progression du nombre de profils de « leurs chercheurs » sur ces réseaux sans avoir une idée précise de l’engagement des personnes, du temps passé et de la réelle valeur ajoutée de ces outils. Les organismes de recherche enfin craignent aussi l’avantage que semblent parfois prendre ces outils sur les archives institutionnelles auprès des chercheurs .

L’article que publie Richard Van Noorden  dans Nature ce mois -ci  est très intéressant car il présente et sous une forme particulièrement éclairante et lisible les résultats d’une enquête initiée par le journal en mai dernier et à laquelle 3500 personnes issues de 95 pays ont répondu. L’utilisation des principaux réseaux est analysée finement. Le lecteur gagne à lire la version html plutôt que le pdf car l’auteur propose une visualisation graphique et dynamique de l’utilisation de chaque plateforme classée par utilisation décroissante d’un panel de répondants jugés suffisamment « actifs ». Researchgate, Academia.edu, Mendeley, Twitter, Linkedin et FacebooK sont ainsi examinés à la loupe.

  • pourquoi les scientifiques utilisent-ils ces plateformes ?
  • qu’en attendent-ils précisément ?
  • combien de temps y consacrent-ils ?
  • quel est le degré d’engagement et le comportement des utilisateurs de chaque plateforme spécifique
  • y a t-il des différences notables entre les disciplines thématiques et l’âge des répondants

L’affichage de leurs profils personnels, un gain de visibilité professionnelle dans le but de générer des contacts avec d’autres chercheurs semble être le moteur principal des inscriptions. Les autres arguments positifs sont les possibilités de partage de contenus, de contacts étendus, l’accès facile à des documents très pertinents et recommandés, l’utilisation de métriques nouvelles d’évaluation de leurs travaux.

L’article pointe aussi les critiques connues : des utilisateurs (pratique intensive du spam, création artificielle de profils) et des éditeurs vis à vis de ces plateformes (dépôt ou captation abusifs et illégaux de documents …). Il évoque enfin les dispositifs innovants de ces plateformes (par exemple, post-publication reviewing) et les perspectives positives et négatives possibles.

A lire dans :  Van Noorden, R. (2014). Scientists and the social network. Nature, 512, 126-129
http://www.nature.com/news/online-collaboration-scientists-and-the-social-network-1.15711

 

Pas de nouvelle version EndNote X.8 cette année !

Depuis plusieurs années, à chaque mois de juin, une nouvelle version de EndNote était annoncée… avec des apports plus ou moins intéressants.
Cette année, il semblerait que les administrateurs du logiciel aient choisi de peaufiner la version X.7 (une version 7.1 a été diffusée)  plutôt que de passer à la version X.8. Une bonne nouvelle pour les budgets et pour les utilisateurs souvent un peu agacés par la multiplication des versions.

(information transmise par M. H. Bridet, lue dans https://www.facebook.com/EndNote/posts/10152028802577984?stream_ref=5 )

Connect : Un nouvel onglet dans EndNote online (ex EndNote web)

pour accéder à une sorte de « réseau social »  ou réseau communautaire des utilisateurs du logiciel.

Se connecter avec des utilisateurs avertis pour bénéficier de leurs conseils, initier des discussions ou simplement y participer,  interpeller l’équipe d’administration de EndNote,  partager des informations et des astuces , suggérer des évolutions de l’outil …, sont les points avancés par Thomson pour présenter et légitimer ce nouveau service structuré et présenté comme un véritable réseau social et qui pourrait remplacer l’actuel et classique forum des utilisateurs de EndNote.

Chaque utilisateur y a son « mur » personnel, peut rechercher des informations sur les thèmes de son choix, rechercher/suivre des personnes, suivre et créer des alertes sur des sujets d’intérêt.

onglet-Connect-ENW-juin20144

Les utilisateurs adhéreront-ils à ce produit, y trouveront-ils une réelle valeur ajoutée ou Connect restera t-il une simple vitrine publicitaire ?

à suivre …

Mendeley analyse les contenus des PDF des articles en OA

La version 1.11 de Mendeley Desktop propose une nouvelle fonctionnalité réservée pour l’instant aux PDF des articles publiés en Open Access et présentée comme étant encore en test.

Le logiciel analyse la structure des articles et l’affiche dans un nouvel onglet « Contents ». Ce sommaire  cliquable permet au lecteur de se déplacer très facilement vers une section, une figure ou un tableau spécifique. Dans certains cas, un second onglet « Enrichments » est également activé : il liste les  figures  de l’article et leurs légendes, ainsi que les différents tableaux présents dans le document. Une extraction des données à partir de ces tableaux est possible (Copie au format texte).

Les commentaires des utilisateurs sur ces nouveautés sont encore peu nombreux, et assez neutres pour le moment. On sent poindre cependant une attente  pour des améliorations des fonctions d’annotation et de marquage des pdf  plutôt  que  le développement de nouvelles fonctionnalités en particulier avec la source Science Direct …

Deux nouveautés dans la nouvelle version 1.10.1 de Mendeley Desktop

  • la possibilité de générer les abréviations des titres de périodiques dans les références bibliographiques, en accord avec les instructions aux auteurs. Comme dans d’autres logiciels, EndNote par exemple, les styles intègrent désormais les deux formes des titres : développée et abrégée. A la création des références dans un traitement de texte, la sélection d’un style entraîne automatiquement l’utilisation de la forme demandée par le  journal (donc l’éditeur) correspondant.
    NB : il était déjà possible de générer les titres développés ou abrégés mais la procédure était moins intégrée et supposait de récupérer (éventuellement à partir d’autres logiciels) ou de créer un fichier tabulé avec les deux formes des titres.
  • la possibilité, à partir d’un document enregistré dans sa base, de rechercher des documents connexes. La procédure est très simple : après sélection d’un ou plusieurs documents, ou encore d’un dossier entier, l’activation de la nouvelle commande « Related » déclenche la recherche automatique de documents connexes sélectionnés dans le catalogue Mendeley. Ce catalogue  intègre des documents déposés volontairement par les utilisateurs, des contenus publics disponibles sur Internet et des références issues de sites d’éditeurs. Mendeley propose les résultats de la recherche à l’utilisateur qui peut ou non  intégrer les documents proposés dans sa propre base. Si les droits le permettent, le texte intégral éventuellement associé aux références « recommandées » par cette méthode est également importé.
    Les recommandations proviennent d’une  d’analyse basée sur le contenu du(des)  document(s) sélectionné(s) et ce que les autres utilisateurs ayant des intérêts similaires lisent.
    Cette nouvelle procédure est présentée comme perfectible. Les producteurs du logiciel appellent les utilisateurs à faire des retours sur sa pertinence.

Lu dans la  » Mendeley Librarian Newsletter – September 2013″ et le blog de Mendeley