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Bilbo, un outil d’annotation automatique des références citées dans Revues.org

La plateforme Revues.org est un site de revues en accès libre principalement en SHS, fonctionnant selon le modèle Freemium. Elle fait partie des plateformes de diffusion du  OpenEdition.org.

Open Edition a annoncé la mise en place de Bilbo [2], un  outil d’annotation automatique des références bibliographiques,  dans le cadre du programme de recherche et développement « Robust and Language Independent Machine Learning Approaches for Automatic Annotation of Bibliographical References in DH Books, Articles and Blogs ».

Extrait de [1] : Initié en 2011 suite à l’obtention d’un Google Grant for Digital Humanities, ce programme a été mené par les équipes du LIA (université d’Avignon) puis du LSIS (Aix-Marseille université – CNRS) et du Cléo sous la direction de Patrice Bellot et Marin Dacos.  Il porte sur l’ensemble des références bibliographiques présentes sur les quatre plateformes : Revues.org, Calenda, Hypothèses et OpenEdition Books. Il doit permettre de développer des fonctionnalités avancées de cross-linking (références croisées) entre les contenus d’OpenEdition et vers les contenus extérieurs.

Bilbo permet par exemple de rajouter des DOI aux références des articles de Revues.org (voir ci-dessous).

Sources :

3 outils pour insérer des commentaires sur un PDF en ligne

crédit Azursol https://www.iconfinder.com/icons/38899/pdf_icon#size=128

Le site outils Tice s’intéresse aux outils numériques pour l’enseignement. Ce billet présente 3 logiciels pour l’annotation de PDF en ligne de manière collaborative ou non avec des possibilités de publication du PDF et des annotations sur un site web ou un blog pour Crocodoc.

Les 3 outils décrits sont Crocodoc, Marqueed et Google Drive

source : 3 outils pour inserer des commentaires sur un PDF – Les Outils Tice. 10 septembre 2013.

voir aussi :
20 Free Tools to Annotate PDF Documents

Utopia Documents : un lecteur de fichier PDF optimisé pour les publications scientifiques

Utopia Documents explore le contenu d’un article au format PDF en s’appuyant sur des ressources externes et sur les enrichissements présents dans le document lorsqu’ils existent.

Il permet ainsi d’afficher directement dans l’interface de visualisation du pdf :

  • la référence correspondante sous différents formats (via CrossRef),
  • l’impact de l’article dans les réseaux sociaux (via Altmetric),
  • les articles en relation (via Mendeley),
  • la politique de dépôt de la revue (via Sherpa/RoMEO),
  • des données en relation avec l’article (via Dryad),
  • des informations sur les molécules, les gènes, les espèces… ou les matériels de laboratoire utilisés (via SciBite, Protein DataBank, dbpedia, AQnowledge,…)

Les enrichissements apportés par les éditeurs sont exploités (exemple des articles enrichis de Portland Press’ Biochemichal Journal ou de la Royal Society of Chemistry : affichage et rotation d’une molécule en 3D, export ou présentation sous une autre forme des données d’un tableau…).

Cette analyse est réalisée automatiquement à l’ouverture du document.

L’image ci-dessous montre la publication « Towards a worldwide wood economics spectrum » juste après son chargement dans Utopia Documents. A droite apparaissent les informations en relation avec cette publication.

la publication "Towards a worldwide wood economics spectrum" juste après son chargement dans Utopia Documents

Cette première analyse peut être complétée par l’exploration des ressources externes à partir d’un terme ou d’une phrase sélectionnés par l’utilisateur (fonction « Explore » disponible via un menu en info-bulle) ou saisis dans une boite de recherche.

Exemple ci-dessous avec terme « Populus » :

la fonction "Explore" sur le terme "Populus"

Le résultat de l’exploration est affiché dans le partie droite de l’écran :

résultat de l'exploration du terme "populus"

Un terme sélectionné par l’utilisateur peut également faire l’objet d’une recherche sur des sites externes (clic droit puis « Lookup selected text ») : NCBI, Quertle, Google, Wikipedia, Dictionary.com et Thesaurus.com.

Tout document peut être annoté (clic droit puis « Annotate document ») au moyen de différents annotateurs : GPCRDB (information system for G protein-coupled receptors), NuclearDB (information system for Nuclear Receptors) et Reflect (Reflect highlights protein and small molecule names).

Exemple d’information obtenue sur la protéine « PgC » après une annotation par Reflect :

Exemple d'information obtenue sur la protéine "PgC" après une annotation par Reflect

Les informations affichées par Utopia documents sont obtenues via des web-services, des accès à des bases de données ou à des entrepôts RDF (Bio2RDF et DBPedia en particulier).

Les utilisateurs peuvent commenter des parties du document et partager ces commentaires.

Utopia Documents est publié par Lost Island Labs Ltd (LIL) en association avec Academic Concept Knowledge Ltd (AQnowledge) ; il est gratuit et disponible pour Mac, Windows et Linux à http://utopiadocs.com.