Archives par étiquette : Open Science

Intégration entre Open Journal Systems et Dataverse pour déposer les données de la recherche

source : Altman M., Castro E. , Crosas M., Durbin P , Garnett A., and Whitney J. (2015). Open Journal Systems and Dataverse Integration– Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research . Code {4}lib Journal. http://journal.code4lib.org/articles/10989

Cet article décrit un nouvel outil libre pour la publication des données en « open data » dans le processus de soumission d’un article scientifique à un journal. Il comprend un plugin pour Open Journal Systems (OJS) qui supporte la soumission de données, la citation, l’évaluation et le processus de publication et fonctionne comme une extention du Dataverse Systems qui fournit une API standard de dépôt.

Le dataverse Project a commencé en 2006 à Harvard’s Institute for Quantitative Social Science (IQSS). Il contient maintenant plus de 60 000 ensemble de données de la recherche. Pour plus d’informations sur Open Journal Systems, voir le billet sur ce blog.

Dataverse a developpé une extention SWORD qui permet de déposer des fichiers de données et autres types de document à partir d’autres systèmes comme OJS maintenant mais pourrait aussi être implémenté sur Open Science Framework (voir integrating Dataverse with the Open Science Framework) .

La figure ci-dessous, issu de l’article,  montre le processus de soumission complet. Les auteurs soumettent en même temps le jeu de données et l’article.

dataverse

MOOCSciNum : Numérique et recherche en santé et sciences du vivant : nouvelles pratiques et enjeux

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Overture des inscriptions pour le MOOCSciNum  » Numérique et recherche en santé et sciences du vivant : nouvelles pratiques et enjeux » qui commencera le 19 octobre.

 

Ce MOOC a pour objectif de donner aux chercheurs, professionnels de la recherche en santé et sciences du vivant et futurs chercheurs français et francophones les éléments nécessaires pour s’adapter à l’évolution des pratiques de recherche en santé (de la gestion à la communication et à la diffusion de ressources scientifiques) et leur permettre de prendre en main les outils numériques associés. Il permettra en outre de saisir certains nouveaux enjeux technologiques, sociaux, juridiques, éthiques tels que le libre accès à la publication scientifique, le partage de données scientifiques ainsi que les changements de méthodologies que le numérique peut introduire dans les pratiques de recherche (data driven research, recherche participative)…. source France Université Numérique.

Inscription sur France Université Numérique https://www.france-universite-numerique-mooc.fr/courses/VirchowVillerme/06005/session01/about. Voir la présentation sur Dailymotion.

Plan du cours (source France Université Numérique)

Séance 0 : Recherche à l’ère du numérique : quelles transformations ? (séance d’introduction)
Numérique et Recherche
Présentation du MOOC

 Séance 1 : S’appuyer sur des ressources scientifiques existantes
Bibliothèque et numérique : quels défis et quels rôles à jouer ?
Savoir gérer sa bibliographie seul ou en groupe avec Zotero

Séance 2 : Collecter/produire des données scientifiques
Numérique et collecte de données en santé
Daydream : un exemple de collecte de données en ligne

Séance 3 : Traiter/analyser des données scientifiques
Données et numérique : quelles « réelles » transformations ?
Recherche en neurogénétique : exemple d’utilisation de Python et de Github
Analyse de données en épidémiologie avec R

 Séance 4 : Archiver/partager des données scientifiques : données de santé, données sensibles
 Des données partagées aux données ouvertes en recherche
Données de santé, données sensibles : quels droits ? Quelles protections ?
Partage de données médicales anonymisées

Séance 5 : Partager ses résultats scientifiques : écrire et publier
Publier sa recherche à l’ère du numérique : Open Access
Droit d’auteur et licences Creative Commons : quelques précisions utiles avant de publier
Déposer un article dans HAL

GitHub pour les scientifiques : une bonne ou mauvaise manière ouverte d’héberger et de partager les connaissances ?

Sources :

  1. il existe  un service interne pour obtenir un DOI en particulier pour des données,
  2.  concernant Github en tant que forge logiciels, une réflexion est lancée sur la mise en service d’une forge INRA nationale qui garantira la propriété intellectuelle et la pérennité des logiciels,
  3. pour ce qui concerne l’hébergement des données, le chantier interne partage de la donnée a vocation à proposer des solutions de stockage et d’échange des données.

actualisation du 2 juin 2017 :

Préconisation INRA pour l’utilisation d’une forge logicielle

Le document d’orientation #INRA2025 nous implique dans une science ouverte, reproductible et interdisciplinaire, qui s’appuiera sur les avancées technologiques du numérique. Cette préconisation est décrite de façon voulue simple dans la note suivante : INRA-UtiliserForge