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Une nouvelle façon de publier la recherche ?

Diapositive1 Annoncé depuis quelques mois sur Twitter, RIO pour “Research Ideas and Outcomes” se présente comme un  “journal” d’un genre nouveau publié par Pensoft. Fondé en 1992 en Bulgarie , « par des universitaires , pour les universitaires », initialement concentré sur l’édition de livres, cet éditeur est depuis 2010 pionnier en étiquetage et enrichissement sémantique d’articles scientifiques.

La société développe des outils, des workflows et des méthodes innovantes pour la publication d’information et de données scientifiques. Promoteur de la notion de “Data Paper” , Pensoft publie une série de Data Journals spécialisés en biologie, pour lesquels il revendique un processus éditorial complet (Peer Review inclus) particulièrement rapide.

Exemple : Biodiversity Data Journal

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La dernière production de Pensoft, RIO, est en réalité plutôt une plateforme ouverte, qui fonctionne avec un modèle économique “auteur-payeur”, permettant la publication de l’ensemble des différents produits issus d’un processus de recherche (liste complète dans le tableau ci-dessous) y compris d’informations habituellement non publiées : propositions de projets, données, méthodes, workflows, logiciels, rapports de projet, articles de recherche. Ce type de productions, plutôt souterraines, représentent un travail important pour les scientifiques. Ce nouveau dispositif a pour objectif d’en faciliter la diffusion et ainsi de développer, de soutenir les interactions inter- et transdisciplinaires entre les différents acteurs de la recherche (chercheurs, financeurs, étudiants, communicants …).

La couverture thématique est étendue à l’ensemble des domaines de la recherche universitaire, qu’il s’agisse des sciences et technologies, ou des sciences humaines et sociales.

Innovation technique

Une plate-forme intégrative “ARPHA” (http://arpha.pensoft.net//tips_and_tricks) guide les auteurs aux différentes étapes du processus éditorial :  de la création d’un objet (publication) à  son examen (peer reviewing) et sa diffusion. Des templates personnalisables sont fournis aux auteurs pour décrire les différents types de documents acceptés qui peuvent ou non être rassemblés dans une collection contextualisée (entité cohérente autour d’une même idée, d’une même structure …).

Liste des types d’objets acceptés dans RIO

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Peer Review, nouvelle formule et processus en étapes

L’innovation est aussi dans l’organisation revisitée du processus éditorial et notamment de l’étape du Peer Reviewing.

En effet, la plateforme ARPHA permet aux auteurs de travailler sur un manuscrit de façon collaborative dès les premières étapes du processus de rédaction (étape draft) pour  l’analyser, le commenter, l’annoter, le compléter, y intégrer la bibliographie.

Sauf exception (pour quelques types spécifiques), une phase de pré-soumission obligatoire est ensuite activée : les auteurs invitent des personnes de leur domaine (hors co-auteurs) pour évaluer la pertinence et la qualité de leur publication.  Pour éviter toute dérive, le processus se veut transparent : les auteurs engagent leur responsabilité en signant un “Mandatory Author’s Statement”, les reviewers sont identifiés et les avis publiés.
Cette phase est suivie d’une étape de vérification technique automatique du manuscrit, puis d’un examen par le bureau éditorial de RIO pour valider la conformité technique, vérifier le respect des exigences éthiques, et  détecter  d’éventuelles anomalies .

Processus de Peer-reviewing

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Enfin, à l’issue d’un processus au délai sensiblement raccourci (d’après RIO), le manuscrit est publié sous différents formats (HTML, PDF, XML), il est qualifié de “Reviewable publication” et accompagné du rapport d’évaluation de cette première phase de reviewing.

L’auteur peut ensuite choisir une étape supplémentaire d’évaluation (post review) organisée par le journal RIO, et identique à celle coordonnée traditionnellement par les éditeurs. Si cette étape supplémentaire est réalisée et que l’article est validé, le statut de l’article bascule alors en « validated publication ». Deux rapports représentant respectivement les phases de pré et post-reviewing peuvent potentiellement accompagner un article.

Processus de Post-reviewing

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Une stratégie d’ouverture affirmée

Tous les contenus sont accessibles en lecture et associés à une licence de type CC (CC By 4.0 par défaut, ou CC0 ) pour encourager leur réutilisation. RIO souhaite également encourager la rédaction de documents de synthèse (état de l’art) thématiques, et la création d’articles dans Wikipedia.

Un modèle d’avenir ?

Des freins à ce nouveau modèle d’ouverture existent mais RIO met en avant les arguments suivants pour le nouveau modèle proposé :

  • pour les auteurs : une aide technique précieuse via la plateforme ARPHA, et un gain de temps appréciable de l’ensemble du processus éditorial,
  • pour les reviewers : la possibilité grâce à la transparence du dispositif d’avoir une reconnaissance de leur travail de reviewing (rendu citable par un DOI).

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RIO fonctionne sur le modèle économique des APC. Leur coût est modulable en fonction des options choisies par l’auteur (http://riojournal.com/about#Low-Cost-Publishing)

L’interface de recherche paraît conviviale et propose de nombreuses facettes pour filtrer les résultats.

À ce jour, seuls quelques articles ont été publiés. Le modèle est innovant et rend visibles et accessibles les processus de recherche, les résultats et leur évaluation par les pairs (“Open Reviewing”).

On trouve dans le bureau éditorial, des noms connus comme P. Suber mais aussi déjà sur internet des expressions plus  sceptiques sur le devenir de ce “journal” :
http://www.sciencemag.org/news/2015/09/new-journal-wants-publish-your-research-ideas

À  suivre,  pour voir s’il sera réellement apprécié ou non de la communauté scientifique.

Texte rédigé par Dominique L’Hostis, Marianne Peiffer et Sylvie Zasser à partir de l’article :

Mietchen, D., Mounce, R., & Penev, L. (2015). Publishing the research process. Research Ideas and Outcomes, 1, e7547.  10.3897/rio.1.e7547
et des informations publiées sur le site de RIO (http://riojournal.com/)

Kudos une plateforme pour valoriser ses publications

kudoslogoKudos (www.growkudos.com) est un outil assez récent pour valoriser l’impact  des articles scientifiques. Cet outil vient de gagner un prix pour l’Innovation en publication délivré par les éditeurs. [1]

Les jurés ont été impressionnés par le fait que Kudos ne soit pas un outil fermé sur une communauté mais peut être utilisé pour n’importe quelle publication de n’importe quelle plateforme éditoriale en utilisant un identifiant Cross Ref DOI. Il permet d’avoir une vue unique pour l’auteur et l’éditeur pour savoir quel moyen de communication est le plus efficace [2].

Le fonctionnement de Kudos est assez simple :

Chaque auteur créé un profil et récupère ses publications soit en liant son compte Kudos avec son compte Orcid,  soit avec le DOI de la version éditeur de chaque article, soit  en interrogeant par mots du titre.

Pour chaque article il y a une Publication Profile Page qui permet à l’auteur d’expliquer, d’enrichir (image, données) ou de partager sa publication. Ci-dessous la  grille de commentaires permet de donner un titre court à l’article et de l’expliquer en trois parties : « What is about ? »  « Why it is important ? » et « Perpectives ». La partie « Partager » permet de formater les contenus de la partie « Expliquer » pour les réseaux sociaux et les blogs.

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L’auteur a aussi accès à un tableau synthétique avec la plupart des indicateurs : Altmetrics, Citation du WOS, nombre de téléchargements etc.

D’après les termes et conditions de Kudos, l’auteur détient le copyright des informations mais Kudos les repartage  sous licence Creative Commons CC-BY (réutilisation libre sans nécessité de citer la source). Le texte intégral n’est pas fourni et les conditions d’accès sont celles de la revue scientifique.

Kudos a environ 30 000 auteurs enregistrés pour environ 4500 publications, chiffres de début de 2015 [2]. Mais le réseau est en relation avec une trentaine d’éditeurs (dont ASM, OECD, The Royal Society,….) et annonce un profit de 19% de plus d’usage de l’article par jour. Il peut aussi récupérer des données des profils Orcid ce qui évite aux chercheurs de remplir les données sur le profil et la liste des publications déjà identifiées dans Orcid.

Kudos se distingue des autres outils comme ResearchGate, Academia.edu, Google Sholar, Mendeley… par ses fonctionnalités. Cependant le problème pour le chercheur devient de plus en plus compliqué : quelles plateformes et outils choisir pour valoriser au mieux ses publications ? Est ce que celles-ci vont toutes perdurer  ?

Source :

[1] Kudos wins the ALPSP Award for Innovation in Publishing . http://www.stm-publishing.com/kudos-wins-the-alpsp-award-for-innovation-in-publishing/. 15/09/2015

[2]  Kudos – Greater Research Impact (David Sommer – APE 2015) http://fr.slideshare.net/growkudos/kudos-greater-research-impact-david-sommer-ape-2015?qid=201efe95-78fb-4134-a335-8b8659779cbe&v=default&b=&from_search=4. 21/01/2015.

[3] Kudos www.growkudos.com

Publications de l’USDA : nouvelle interface de recherche

USDA logoPubAg est une nouvelle interface de recherche, proposée par la National Agricultural Library (NAL), donnant accès aux publications scientifiques du Département américain de l’Agriculture (USDA). Plus de 40 000 articles sont déjà en ligne, les plus anciens datant de 1960. On retrouve un affinage classique par facettes parmi lesquelles l’accès libre au texte intégral (liens vers l’éditeur dans les autres cas). L’indexation utilise le thésaurus de la NAL NAL Thesaurus (NALT).

Vu sur : AIMS Newsletter no. 37, February 2015

Open Journal System (OJS) : un document de synthèse

Résumé : OJS (Open Journal Systems) est un système de publication électronique qui reproduit le processus d’une maison d’édition pour réaliser un ou plusieurs journaux, de la soumission des articles à leur publication. C’est un package logiciel diffusé en licence libre, développé et maintenu dans le cadre d’un projet inter-universitaire canadien : le Public Knowledge Project (PKP). Ce document, destiné en priorité à la communauté recherche en math, décrit le logiciel libre OJS, PKP qui diffuse ce logiciel, les acteurs de la communauté recherche en math française qui l’utilisent et liste des problèmes et des manques pour les besoins de cette communauté.

Le document décrit les processus éditoriaux et présente les avantages et inconvénients de ce logiciel qui est de plus en plus utilisé. Il donne également une liste d’autres solutions. extraits :

  • Lodel développé parle CLEOet utilisé pour revues.org: le CLEO a décidé récemment de basculer sur OJS pour la partie processus éditorial et garder Lodel pour la mise en ligne
  • WordPressavec le plugin EditFlow
Jean-Luc Archimbaud. Document de synthese sur OJS (Open Journal System). 2015, 10p.<sic01074813v2>

Dix outils de vérification de plagiat en ligne

mimieunice

Mimi & Eunice, “Thief”. Categories at the source website: Anger, Delusions, IP. http://mimiandeunice.com/2010/07/30/thief/

Le Billet “10 Best Plagiarism Checker Online” du site Techcriklets décrit 10 outils de détection de plagiats. Il indique leur fonctionnement et les aides qu’ils peuvent apporter dans la détection du plagiat des textes scientifiques. A noter également le site plagiarism.org qui donne des conseils pour lutter contre le plagiat. Il est cependant sponsorisé par l’outil Writechek  qui n’est pas dans la liste. Le site de référence est  publicationethics.org  du COPE (Comitte on publication ethics) sur l’éthique des publications avec des instructions sur les conduites à tenir, l’utilisation de la citation etc.

  1. Turnitin
  2.  Plagiarism Detect
  3.  Ithenticate
  4.  Plagium
  5.  Article Checker
  6.  Plagiarism Check
  7. Duplichecker
  8. DocCop
  9. Dust Ball
  10. Small SEO Tools

Source : “10 Best Plagiarism Checker Online.” TechCricklets. Accessed November 25, 2014. http://www.techcricklets.com/10-best-plagiarism-checker-online/.

ScienceOpen : réseau social et de publication scientifique

ScienceOpen (version beta) est une nouvelle plateforme gratuite (en dehors de certains services liés à la publication, voir plus bas) se présentant à la fois comme éditeur, réseau social pour chercheurs et entrepôt de pré-prints.

ScienceOpen, startup basée à Berlin et Boston, a été crée en 2013 par Alexander Grossmann (chercheur à Leipzig University of Applied Sciences, Allemagne) et Tibor Tscheke (président de l’entreprise Ovitas spécialisée dans les technologies de l’information, Boston, USA).

On retrouve dans ScienceOpen les fonctionnalités caractéristiques des réseaux sociaux pour chercheurs, avec la nécessité de s’inscrire pour accéder à l’ensemble des services.

ScienceOpen agrège les références à partir de diverses sources en libre accès. Les articles sont catégorisés dans des disciplines et sous-disciplines couvrant tous les domaines.

ScienceOpen distingue les utilisateurs en fonction du nombre de publications liées à leur numéro ORCID : « Guest« , « Junior Member« , « Member » (au moins 1 publication), « Scientific Member » (au moins 5 publications) et « Expert » (au moins 20 publications).

Un processus de publication permet à toute personne identifiée de travailler avec ses co-auteurs sur un brouillon de publication puis de le soumettre à un « peer-review » formé de « Scientific members » et « Experts » de son choix au sein du réseau ScienceOpen (voir le guide du peer-review propre au site). Ce brouillon, qui peut faire l’objet de plusieurs révisions, peut être publié ensuite directement sur la  plate-forme, sous licence CC-BY et recevoir ainsi un DOI (les services associés à la publication sont payants : 800$ au moment de la rédaction de ce billet). Tous les co-auteurs doivent être enregistrés dans ScienceOpen et avoir donné leur accord avant publication.

Les articles avec DOI sont intégrés parmi les « ScienceOpen publications ». Les autres articles, créés ou récupérés par exemple par l’intermédiaire de son profil personnel ou d’ORCID, sont intégrés comme « Other publications » et ne sont pas interrogeables.

Seuls les « Members » peuvent commenter et apprécier un article, seuls les « Scientific Members » reviewer et créer des groupes (qui sont publics). Le tableau ci-dessous résume les possibilités offertes aux catégories d’utilisateurs :

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Les fonctionnalités de ScienceOpen selon le statut de l’utilisateur

Exemple d’affichage d’un article avec les statistiques et fonctionnalités associées :

Exemple d’affichage d’un article dans ScienceOpen

Pour en savoir plus : http://about.scienceopen.com/

Vu sur le Scoop.it de François Magnan

Utopia Documents : un lecteur de fichier PDF optimisé pour les publications scientifiques

Utopia Documents explore le contenu d’un article au format PDF en s’appuyant sur des ressources externes et sur les enrichissements présents dans le document lorsqu’ils existent.

Il permet ainsi d’afficher directement dans l’interface de visualisation du pdf :

  • la référence correspondante sous différents formats (via CrossRef),
  • l’impact de l’article dans les réseaux sociaux (via Altmetric),
  • les articles en relation (via Mendeley),
  • la politique de dépôt de la revue (via Sherpa/RoMEO),
  • des données en relation avec l’article (via Dryad),
  • des informations sur les molécules, les gènes, les espèces… ou les matériels de laboratoire utilisés (via SciBite, Protein DataBank, dbpedia, AQnowledge,…)

Les enrichissements apportés par les éditeurs sont exploités (exemple des articles enrichis de Portland Press’ Biochemichal Journal ou de la Royal Society of Chemistry : affichage et rotation d’une molécule en 3D, export ou présentation sous une autre forme des données d’un tableau…).

Cette analyse est réalisée automatiquement à l’ouverture du document.

L’image ci-dessous montre la publication « Towards a worldwide wood economics spectrum » juste après son chargement dans Utopia Documents. A droite apparaissent les informations en relation avec cette publication.

la publication "Towards a worldwide wood economics spectrum" juste après son chargement dans Utopia Documents

Cette première analyse peut être complétée par l’exploration des ressources externes à partir d’un terme ou d’une phrase sélectionnés par l’utilisateur (fonction « Explore » disponible via un menu en info-bulle) ou saisis dans une boite de recherche.

Exemple ci-dessous avec terme « Populus » :

la fonction "Explore" sur le terme "Populus"

Le résultat de l’exploration est affiché dans le partie droite de l’écran :

résultat de l'exploration du terme "populus"

Un terme sélectionné par l’utilisateur peut également faire l’objet d’une recherche sur des sites externes (clic droit puis « Lookup selected text ») : NCBI, Quertle, Google, Wikipedia, Dictionary.com et Thesaurus.com.

Tout document peut être annoté (clic droit puis « Annotate document ») au moyen de différents annotateurs : GPCRDB (information system for G protein-coupled receptors), NuclearDB (information system for Nuclear Receptors) et Reflect (Reflect highlights protein and small molecule names).

Exemple d’information obtenue sur la protéine « PgC » après une annotation par Reflect :

Exemple d'information obtenue sur la protéine "PgC" après une annotation par Reflect

Les informations affichées par Utopia documents sont obtenues via des web-services, des accès à des bases de données ou à des entrepôts RDF (Bio2RDF et DBPedia en particulier).

Les utilisateurs peuvent commenter des parties du document et partager ces commentaires.

Utopia Documents est publié par Lost Island Labs Ltd (LIL) en association avec Academic Concept Knowledge Ltd (AQnowledge) ; il est gratuit et disponible pour Mac, Windows et Linux à http://utopiadocs.com.