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GitHub pour les scientifiques : une bonne ou mauvaise manière ouverte d’héberger et de partager les connaissances ?

Sources :

  1. il existe  un service interne pour obtenir un DOI en particulier pour des données,
  2.  concernant Github en tant que forge logiciels, une réflexion est lancée sur la mise en service d’une forge INRA nationale qui garantira la propriété intellectuelle et la pérennité des logiciels,
  3. pour ce qui concerne l’hébergement des données, le chantier interne partage de la donnée a vocation à proposer des solutions de stockage et d’échange des données.

actualisation du 2 juin 2017 :

Préconisation INRA pour l’utilisation d’une forge logicielle

Le document d’orientation #INRA2025 nous implique dans une science ouverte, reproductible et interdisciplinaire, qui s’appuiera sur les avancées technologiques du numérique. Cette préconisation est décrite de façon voulue simple dans la note suivante : INRA-UtiliserForge

Zenodo, un entrepôt de données

Zenodo permet, comme d’autres outils  (figshare, Dryad,…), de déposer des ensembles de donnés et de les lier aux publications scientifiques qui ont été écrites  à partir de ces données. Il est cependant à considérer avec attention, en particulier parce qu’il est issu du projet européen  OpenAIREplus , développé par le CERN et lié aux projets pilotes de la Commission européenne en matière de gestion de données.

La recherche peut se faire sur différents types de documents :Datasets, Images, Posters, Presentations, Publications (article,livre,…), Video/Audio.

Zenodo affecte des DOIs  aux objets et expose les métadonnées de description au moissonnage à travers le protocole OAI-PMH, le protocole d’interopérabilité des archives ouvertes (Prodinra, HAL…)

Un point particulièrement intéressant : Zenodo permet de créer des communautés et de les gérer soi-même en filtrant ce qui peut y être déposé ou non et son niveau d’accès, « open access » ou « restricted access » avec le courriel à contacter pour obtenir le document, closed access. Une communauté peut correspondre à un colloque ou à un projet par exemple.

figure 1 : un dataset en libre accès

figure 2 : un article en accès réservé

Zenodo utilise le altmetrics donut qui permet de connaitre l’impact de documents dans les réseaux sociaux.

Un exemple de « Donut » de Altmetric dans un journal scientifique

Zenodo pourrait devenir un outil important pour les scientifiques qui souhaitent partager leurs données mais qui n’ont pas d’entrepôts institutionnels ou thématiques pour le faire. Il pourra être un élément important pour répondre à l ‘obligation de rendre les publications et les données librement accessibles, déclarée dans le programme Horizon 2020 de la Commission européenne

Références :